マイクロアレイのデータ解析

質問

affymetrix社のGenechipを使っている
マイクロアレイ初心者です。
データ解析手順について教えて下さい。
現在、p<0.05かつ発現量が2倍以上・1/2以下に
変化している遺伝子を抽出した段階なのですが、
参考書等読んでもこの先どのように解析を
進めれば良いのかよくわからず困っています。

また、現在の抽出遺伝子数が1000程なので、更にAbsolute callによる抽出等も必要になってくるかと思うのですが具体的にどう抽出すればいいのかわかりません。
どなたかご指南ください。
よろしくお願いします。

回答No.1

Chicago243

>参考書等読んでもこの先どのように解析を
>進めれば良いのかよくわからず困っています。

解析のしかたは結果に何を求めるかによって違いますので、参考書とかよんでものってないでしょうね。実験の目的はなんだったのか、それで何を得ようとしていたのかもう一度確認してみてください。マイクロアレーができた当初、膨大な数のデーターをどのように解釈したらいいかというのは大問題でした。今は幾らか面白い具体的な試みがあります。インターラクションに関するデーターを照合しながら解析するとかです。マイクロアレーを行っている文献とかみて見ればいいとおもいます。また、個々の実験のフィールドで独自の解析方法を導入するのもいいかと思います。Absolute callについてはaffymetrixに聞くのがいいのでは?