マイクロアレイ２色法について

質問

２色法のマイクロアレイを用いた実験を考えています。
無処理の細胞由来の RNA からは Cy3 probe を、
薬剤処理した細胞由来の RNA からは Cy5 probe を作って
アレイにハイブリさせ比率を見ようとしています。
５～６種類の細胞について調べようとしています。

このばあい Cy3/Cy5 のシグナル値の比率を解析することになりますが、
単純に Cy3 や Cy5 のシグナル値そのものを５種の細胞間で比較
したりする事もできますか？

つまり単色法のアレイの場合のように、Cy3 や Cy5 のシグナル値を
解析してもいいものでしょうか？
あるいは Cy3/Cy5 の比率のみをアレイ間で比較するべきでしょうか？
各社の２色法アレイの説明を読むと後者のみのように見えるのですが
よくわからないので質問させていただきます。

回答No.1

MIYD

まず、それぞれのラベルの取り込み効率が補正される必要があります。
また、ある1種の細胞でのCy3のシグナルは、Cy5と競合して結合している状態でのシグナルです。例えば、薬剤処理したCy5で10倍にmRNAが増えていれば、スポット上のオリゴDNAが飽和していると仮定すれば、Cy3の見かけのシグナルは約1/10になるはずです。

それを補正できるような何らかの対応をすれば、比較できるでしょう。
二色を同じアレイにかけずに、単色を10~12枚やれば、目的の比較が出来るでしょう。

お礼

なるほど。そういうことでしたら、アレイをケチらずに単色を沢山やったほうがいいのですね。わかりやすくご説明いただき、ありがとうございました。