マイクロアレイ

質問

正常個体と病気個体との遺伝子間の比較のため、1stスクリーニングとしてマイクロアレイで遺伝子発現を調べ、違いが出たらその後ノーザンなどで詳しく調べたいと思っているのですが、ヒトのように遺伝子配列が明らかにされていない動物にでも有効な方法なのでしょうか？
あまり方法論がよくわかっていないので初歩的な質問で申し訳ないのですが、どの程度まであらかじめわかっている必要があるのでしょうか？

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

マイクロアレイには既知の遺伝子配列を並べます。
どれだけたくさんの遺伝子について調べられるかは、どれだけ既知の遺伝子配列があるかによります。

ヒトやマウス、ショウジョウバエなどゲノムプロジェクトが進んでいる材料は、ほぼすべての遺伝子を網羅したアレイが市販されています。あるいは、特定の過程（シグナルトランスダクションとかがん化とか）に関する遺伝子だけを並べたアレイもあります。

ゲノム、転写産物の情報があまりないという事であれば、ある情報だけで自前で作るか外注してやってもらうか、いずれにしても得られる情報が非常に限られます。

それと、市販のアレイを買って自前で解析するにも、自前でアレイの構築から始めるにも、あるいは全く外注でやるにしても、費用や設備はかなりかかります。ゼロから始めようとするなら、予算をあらかじめ確保しておかないと難しいでしょう。

代替案としては、differential dispaly、 differential screeningなどが考えられます。

お礼

早速の返信有難うございました。
マイクロアレイの網羅的遺伝子発現解析とは、既知の遺伝子配列がたくさんあることが前提なのですね。
それから、やはりマイクロアレイ（やdifferential dispaly、 differential screening法でも？）を使って2群間を比較している研究は、他の要素を一定にするように飼育環境を整えたりしているのでしょうか？
他の要素を一定にできない、例えば野生動物などでは他の要因が考えられてしまうので、あまり意味がない研究なのでしょうか。

回答No.2

geneticist12

実験生物で解析する場合は、飼育条件をそろえるのはもちろん、遺伝的背景の影響を極力排除するためcongenic化するのがふつうだと思います。
極端な話、遺伝子配列に単なる同義的な多型があった場合、同じ発現量でもシグナル強度に差異が現れる可能性があります。

ヒトだと、そうもいかないので、たくさんの検体を並列的に調べて、表現型との相関を総合的に判断するのではないでしょうか。