★マイクロサテライトのアレルサイズの疑問★

質問

大変困っておりますので、皆様、ご教示のほど、宜しくお願いします↓

　大学の実習でマイクロサテライト（SSR）を使った実験を何度か続けてきました。ABIシーケンサーでジェノタイピングをするのですが、その際にアレルと思われるピークの出てくるサイズが２bpごとに綺麗に出るものがある一方で、所々1bpしか間隔を置かないで、次のアレルが出現する遺伝子座（マーカー）もあります。

　マイクロサテライトはいわゆる「反復配列」ですので、普通は2bpごととか、3bpごととか、ある一定の間隔を持った周期性のあるアレルの出現が期待できそうですが、このように不規則な間隔を持って（例えば、サイズ100、102、104、105、107、108、110、113、114…といった位置にアレルが出てくる）出現するのは、どうしてでしょうか（こういうマーカーでも再現性はあるみたいですが）？

　そしてこういうマーカーを使って研究を進めても特に問題は無いでしょうか？

　分からない事だらけなので、是非お教え頂けないでしょうか？

回答No.1

ga111

実験しているのですから、ターゲットの配列がどのようになっているのか分かっていると思います。それをよく提示しないとちょっと無理があるかも。AAAAAAでもマイクロサテライトになりますし、２つの別リピートがつながっていたりすると何でもありですね。

補足

早速のご指摘、ありがとうございます。マーカーを開発した原著論文によれば（プライマーノート）、２bp（例えばACACAC…とか）のある配列の反復…とあるのですが。。それでもところどころ1bpの間隔しか無いアレル出現が認められ、困っています。