DNA抽出

質問

マイクロサテライトマーカーを用いたPCR法で２種類のイネのDNAバンドサイズを測定しました。２種類を６つずつ、全部で１２サンプルのバンドサイズを測定しました。しかし、１２サンプルの内の２サンプルだけ、バンドが現れませんでした。１２サンプル同時に作製したので、手順の間違いは無かったと思うのですが…。。。
しかし、サンプルがでなかったのですから、なんらかの失敗があったことはまちがいないのです。
もしかしたら、DNA抽出時に２種類のサンプルがコンタミしてしまったのか、と考えたのですが…。自信も根拠もありません。
どのあたりで失敗したのか、
見当がつく方、どうか助言していただきたいです。

回答No.1

24blackbirds · ベストアンサー

抽出したサンプルを泳動してみましたか？　抽出の失敗かPCRの失敗かはそれで確認できます。　ただ、コンタミによってバンドが出ない、とは考えにくいと思います。コンタミしたら出てはいけないバンドが出ることになるでしょう。

抽出に成功していることが確認されたなら、プライマーの設計上、バンドが出ない可能性を秘めていたのかも。プライマーの設計に問題があったのか、バンドが出ないということ自身を成果と見なすか、ということです。