分子系統樹の作成

質問

初めて系統樹の勉強をしているのですが、系統樹の作成をするとき、十分な解析を行わなければならないとは思いますが、どのような点に特に気をつければいいのでしょうか。また、近縁な関係にあることがわかっているのに、系統樹を作成すると、結果では近縁ではないように思えるのですが、どのように考えればいいのでしょうか。使用する配列にも問題はあるかと思いますが、なにぶん系統樹の作成、おもしろそう程度の知識ですので、よろしくお願いいたします。

回答No.2

stripe-k

生物に必須な、ATPaseのコーディングリージョンやイントロンの塩基配列や、r（リボゾーマル）DNAの配列を複数比較するのが良いでしょう。
系統樹の作成方法は、複数の論文に載っているので、プログラムもあると思います。
必須ではない酵素の塩基配列だと、変異が多過ぎて近縁関係が分かりません。

補足

ありがとうございます。
進化の本に出てくるような動物の系統樹を作ってみたいと思っているのですが、何か良い方法はないでしょうか？良い方法があれば教えてください。よろしくお願いします。

回答No.1

stripe-k

扱うのは、「原核生物」ですか？それとも「真核生物｝ですか？
扱うのは、属内の系統樹ですか？それとももっと上の階層までですか？

補足

ご回答、ありがとうございます。
真核生物です。
属内ではありません。もっと上の綱です。
見よう見まねで作成しただけですので、本来の意図とは関係ない質問を私自身がしてるのかもしれませんが、気になりましたので、質問をさせていただきました。何かアドバイスでもあればよろしくお願いします。