遺伝子型の表示

質問

栄養要求性株の遺伝子型の表示についてなのですが、his3-200やleu2-3, 112とleu2Δ0やhis3Δ1はそれぞれ何を表しているのか[ハイフンの後の数字（200や3,112）、Δの後の数字（0や1）は何を意味しているのか]、前者と後者の違いがわかるように教えてください。

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

>Leu2Δ0とhis3Δ1はそれぞれ、leu2あるいはhis3という名前の遺伝子がない、

「ない」といっては語弊があります。遺伝子のある一部領域だけ、あるいは場合によっては1塩基の内部欠失かもしれません。人為的な組換えで欠失をおこすことによって作製された遺伝子破壊のalleleということであり、どの部分を、あるいはどの程度を欠失したとしてもΔのalleleでしょう。

>では、his3-200とleu2-3,112は具体的にはどういうことなのでしょうか。

遺伝子名が小文字で書かれていることから、劣性の、あるいは機能喪失型のalleleということはわかりますが、名前からだけでは遺伝子上にどのような変異が起こっているのかはわかりません。とにかく何かしらの人為的な組換えによる遺伝子破壊以外（Δや::の表記がないことから）の突然変異によって、該当する遺伝子の機能が失われているということです。

たとえば、自然突然変異で生じたものであるとか、変異原性の化学物質をあたえてhisあるいはleu要求性の突然変異体をスクリーニングして得られたとか。それは点突然変異であるかもしれないし、トランスポゾンの挿入変異かもしれないし、染色体異常かもしれない、、、、。こうして（別々の機会に）得られてきた異なるalleleに、通し番号などでidentityをあたえるのがハイフンの後の表記です。

それぞれのalleleが実際に遺伝子上のどのような異常を生じているかは、調べれれているのなら文献があるはずですので、それらをあたるとかしないとわからないでしょう。

一応、databaseがあるのですが酵母分野の慣習なのか、個々のAlleleごとの区別は重要視されないようで、その遺伝子が機能喪失したときの表現型の記載だけで、alleleごとの情報は取り上げられていないようです。

http://www.yeastgenome.org/
http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/

酵母の遺伝子型命名法はここからpdfをダウンロードできます。
http://www.yeastgenome.org/sgdpub/Saccharomyces_cerevisiae.pdf

お礼

丁寧なご解説どうもありがとうございました。大変参考になりました。

回答No.1

geneticist12

酵母の遺伝子型とみえますので、それにそって答えると（生物種が違うと流儀がそれぞれ異なります）、

ハイフンの前は遺伝子（あるいは遺伝子座）の名前
ハイフン以下はその遺伝子のAllele（対立遺伝子）の名前（identity。これがΔと数字になっている場合、Δは遺伝子組換え技術を利用して人為的に欠失を起こさせたalleleであることを示し、続く番号はidentity（人為的な欠失といってもいくつも作られますので）を表します。Δではなく::だと挿入変異（による遺伝子破壊）、Δ::だとreplacement（配列の一部を別の配列に入れ替える、knock-in）を表します。

補足

ご回答ありがとうございます。
質問したのは酵母の遺伝子型で、この場合はロイシンあるいはヒスチジンの要求性株だということです。
leu2Δ0とhis3Δ1はそれぞれ、leu2あるいはhis3という名前の遺伝子がない、だから要求性になるということはわかりました。
では、his3-200とleu2-3,112は具体的にはどういうことなのでしょうか。