ＭＯＰＡＣやＧＡＵＳＳＩＡＮなどの構造バラメーター

質問

ＭＯＰＡＣやＧＡＵＳＳＩＡＮなどの構造バラメーターってどのように決定するのですか？

回答No.2

phosphole · ベストアンサー

最後の入力ファイルはただのテキストですので、デカルト座標またはZ-マトリックス形式での原子座標が出力できるソフトなら何でもいけます。
要するに、入力ファイルの座標のところに、設計ソフトから出力した原子座標を入力してやれば良いわけです。

上述の方法は原始的ですが、どんなソフトでもいける方法です。
あるいはX線の構造を初期構造とする場合にも使えるでしょう。

もっとも、大抵のソフトはもっと便利で、直接ガウシアンまたはゲーメスの入力ファイルを作製してくれます。
ガウスビュー、ケム3D、モルデンなどいろいろ選択肢はありますが。
X線のPDBファイルなどからもインプットを作製できます。

たまにエラーが出ることがありますが、そういう場合は入力ファイルの指定に何かミスがありますので、やはりサンプルファイルと比較する、レファレンスを調べるなどして修正しましょう。
ガウスビューではそういうことはありませんでしたが、ケム３Dで作製するとなぜかうまくいかないことがあったので、結局最後は手で修正していました。

回答No.1

phosphole

構造パラメータとは何を指されているのでしょうか？
初期構造のことですか？
それとも、最適化の仕組みということですか？

補足

初期構造です。分子設計支援ソフトを使って作ったものをそのまま適用できるんでしょうか？