ベストアンサー ＭＯＰＡＣやＧＡＵＳＳＩＡＮなどの構造バラメーター 2007/08/02 18:10 ＭＯＰＡＣやＧＡＵＳＳＩＡＮなどの構造バラメーターってどのように決定するのですか？ みんなの回答 （2） 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー phosphole ベストアンサー率55% (467/834) 2007/08/03 20:20 回答No.2 最後の入力ファイルはただのテキストですので、デカルト座標またはZ-マトリックス形式での原子座標が出力できるソフトなら何でもいけます。 要するに、入力ファイルの座標のところに、設計ソフトから出力した原子座標を入力してやれば良いわけです。 上述の方法は原始的ですが、どんなソフトでもいける方法です。 あるいはX線の構造を初期構造とする場合にも使えるでしょう。 もっとも、大抵のソフトはもっと便利で、直接ガウシアンまたはゲーメスの入力ファイルを作製してくれます。 ガウスビュー、ケム3D、モルデンなどいろいろ選択肢はありますが。 X線のPDBファイルなどからもインプットを作製できます。 たまにエラーが出ることがありますが、そういう場合は入力ファイルの指定に何かミスがありますので、やはりサンプルファイルと比較する、レファレンスを調べるなどして修正しましょう。 ガウスビューではそういうことはありませんでしたが、ケム３Dで作製するとなぜかうまくいかないことがあったので、結局最後は手で修正していました。 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 その他の回答 (1) phosphole ベストアンサー率55% (467/834) 2007/08/03 01:05 回答No.1 構造パラメータとは何を指されているのでしょうか？ 初期構造のことですか？ それとも、最適化の仕組みということですか？ 質問者 補足 2007/08/03 07:20 初期構造です。分子設計支援ソフトを使って作ったものをそのまま適用できるんでしょうか？ 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学化学 関連するQ&A Gaussian Gaussianを用いた、分子軌道の計算には電子状態の考察以外にどのような応用がありますか？？ ガウシアンネットワークについて解説がある本・文献 いま強化学習によってオセロの手を決定するという論文を読んでいるのですが、 (Strategy Acquisition for the Game "Othello" Based on Reinforcement Learning) この論文では盤面の良し悪しを評価する関数をニューラルネットワークの一種である 正規化ガウシアンネットワーク(normalized Gaussian network ,NGnet)を用いて 近似しているらしいというところまでは分かりました。 そこでニューラルネットワークについての参考書、文献を読んでいるのですが なかなかガウシアンネットワークの説明が見つけられません。 ガウシアンネットワークについての説明、解説があるものをご存じでしたら 教えていただけないでしょうか。(できれば日本語であるとなお助かります) どうかよろしくお願いします。 gaussianの計算について。 gaussianの計算について。 白金錯体の構造最適化をgaussian03Wで行っています。 bp86/genを使用して白金以外を6-31+g(d),白金をlanl2tz(f)として計算をサブミットしても 次のようなエラーで計算がすぐにとまってしまいます。 QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. lanl2tz(f) ' Last state="Top" TCursr= 746 LCursr= 0 Error reading general basis specification. lanl2tz(f)は使用できないということでしょうか。 ご存知の方はお力添えいただけると助かります。宜しくお願いします。 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム Gaussianでのバンド計算 量子化学計算ソフト Gaussian では周期構造を設定できるようですが、 無機物質のバンド構造図やフォノン分散図の計算はできますか？ 適用可能な元素、精度、一般のバンド計算やDMol3との比較など、 どのような情報でも歓迎です。宜しくお願い致します。 MOPACでの構造最適化 MOPACで分子の構造最適化を行う場合、AM1とPM3で結果が異なります。 たとえば、安息香酸フェニルを最適化すると、AM1ではCOがベンゼン環と同一平面上に来ますが、PM3ではそうなりません。 構造はAM1を、IRスペクトルはPM3を使った結果が正しいことが多いと聞いたことがあるのですが、その辺の使い分けについて教えてください。 また、もしAM1の構造が正しいとすると、PM3を使ってAM1と異なる構造で求めたIRスペクトルがなぜ正しくなるのかもわかれば教えてください。 ガウシアンと断面曲線 基本的なことで申し訳ないのですが、粗さ測定で‘ガウシアン粗さ曲線’と‘断面曲線’がありますが、この２つの曲線は何が違うのでしょうか？ よろしくお願いします。 ガウシアンフィルタのCプログラム 画像を平滑化する手法にガウシアンフィルタというものがあります。 現在、このガウシアンフィルタをCで作成しようとしていますが、いまいち分かりません。 自分なりに調べてみたところ、平滑化の移動平均フィルタやメディアンフィルタに関しては様々な書籍やサイトがあるのですが、ガウシアンフィルタに関してはあまり見つかりませんでした。 行いたい処理は、簡単に次の通りです。 画像ファイルの読み込み ↓ フィルタ処理 ↓ 処理後の画像をファイル出力 ガウシアンフィルタに関して詳しく書いてある書籍やサイトがあればお教え願います。できれば、ソースプログラムも書いてあると助かります。 当方、参考書籍として、「C言語で学ぶ実践画像処理-井上他」という本を使用しています。 Gaussianで計算した分子中の結合次数などを調べたい いつもお世話になります。 GaussianでH2OやAg(NH3)2などの分子中の結合次数や、 ある分子軌道にどの原子軌道がどれだけ含まれているかというのを調べたいのですが これはどのようなキーワードを使うと調べられるのでしょうか？ Gaussianにはあまり慣れてないので使い方がよく分からなくて…… どうぞよろしくお願いします。 Gaussian x Gaussian いつもお世話になっています。 ガウシアン分布の処理について質問させてください。 ある広がりを持った無相関な二つの正規分布があるとして、それぞれの中心地が離れているものの、お互いの裾野同士は重なっています。 例えばその重なりが1%程度の領域同士であった時、 その二つの事象が同時に起こる確率とは、 10^-2 x 10^-2 = 10^-4 ？ それとも SQRT(10^-4 + 10^-4) = 1. 4x10^-2 ? さらに具体的な適用例を示すと、 D-FlipFlopの入力Dataは既知のランダムにばらつく成分を持っているのですが、 入力クロックもまた既知のランダムなばらつき成分を持っています。 クロックの立ち上がりがDataのちょうどど真ん中をたたくとして、 結果出力されるDataのBit Error Rateはどう計算するのだろう。。 というのがこの質問のそもそもの発端です。 よろしくお願いできればと思っております。 ExcelでGaussian fittingをしたいのですが、どうすれば良いですか？ A1・・・A1001にx軸の値が B1・・・B1001にy軸の値が入っているとします。 このデータをグラフ化したのちに、ガウシアン関数y=a+b*exp(-(x-c)^2/d^2)に対してフィッティングを行い、それぞれの定数を算出及び、その算出されたグラフを上に乗せるということをしたいのですが、 Excel VBAを使ってどのようにすれば良いのでしょうか？ また、ピークが１本ではなく2本ある場合Multipeak Gaussian fittingというものでそれぞれのピークに対してフィッティングすることもできるそうなのですが、できればその方法についても教えて頂けないでしょうか？ 自分でひな形くらい作って質問したいところですが、全くどうやって作れば良いのか検討もつかないのでどなたかよろしくお願い致します。 量子化学計算_対称な分子構造を作るには 量子化学計算用の入力ファイルを、左右対称な形でつくる方法を教えて下さい。 ガウシアン DFT B3LYP/6-31G(d) を用いて、量子化学計算をしたいと思っています。有機分子の構造最適化を行い、HOMO、LUMOエネルギーレベル、分子軌道分布を調べることが目的です。分子量1000程度の、C, H, O, S, B, Fを含む分子を扱っています。 自分の所属する研究室では、chem3Dを使って粗く最適化した入力ファイルの作製をしています。 chemdrawで構造を作って、chem3Dに移します。まずMM2で最適化、さらにMOPACで最適化します。 扱っている分子の構造式は左右対称な形なのですが、chem3Dで最適化して出来上がった入力ファイルの立体構造が左右不対称になっています。 そこで質問です。 1.非対称ということは最適化がうまくできていないと考えていいでしょうか？ 2.計算条件で、対称になるように条件を制限することはできるのでしょうか？できるならその方法（chem3Dなどのソフトの操作方法）を教えて頂けないでしょうか？ 3.実際にどのような形をしているかは計算では分からないものなのでしょうか？入力ファイルの構造をもとに、少しだけねじったり伸ばしたりして、エネルギーが最小化される点を探索しているイメージでしょうか？ なお、分子のX線構造解析のデータは持っていません。試料はあるのですが単結晶が得られていないので。 量子化学のことを殆ど知らないものですが、ご回答よろしくお願いします。 ガウシアン関数へのフィッティングについて 現在、ガウシアン関数y=a+b*exp(-(x-c)^2/d^2)に下記のようなデータを使用しフィッティングを行いたいのですが、 手法やパラメータa,b,c,dの求め方がわかりません。 どなたか教えていただけませんか。 よろしくお願いいたします。 (x,y)={ 48.800 6092 48.805 6105 48.810 5942 48.815 6000 48.820 6021 48.825 6127 48.830 6131 48.835 6169 48.840 6146 48.845 6077 48.850 6141 48.855 6236 48.860 6115 48.865 6179 48.870 6296 48.875 6176 48.880 6272 48.885 6294 .....} 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム ガウシアンパルスのフーリエ変換 以下のガウシアンパルスのスペクトラムを求めたくてフーリエ変換が必要なのですが、どのように計算すればよいのでしょうか？ e(t)=exp(-(t-4τ)^2/τ^2)sin(2πf0(t-4τ)) ここでf0=6GHz、τ=80psです。 gaussianで蛍光スペクトルの計算 こんにちは。私立大学4年生です。 gaussianで蛍光波長の求め方が知りたいです。 蛍光波長を求めるインプットファイルを教えて下さい。 下記インプットファイルでやっても、すぐエラーとなって終わります。 分子はナフタレンなどの簡単なものです。 # opt td(Nstates=5,direct) B3LYP/6-31G よろしくお願いします。 gaussianを使った配座エネルギーの計算 gaussian 03 package を使って自由回転によって得られる配座ポテンシャルエネルギーを計算したいのですが方法がわかりません。 よろしくお願いします。 例えばCR4のようにCに側鎖が４つついていて特定のCとRの結合の二面角に準ずる自由回転によって得られる配座ポテンシャルエネルギーを計算したいです。 タンパク質の構造決定 現在、タンパク質をコードする遺伝子の配列を基にして、タンパク質 の１次構造が比較的容易に推定できます。でも、タンパク質そのものを生体から単離して構造決定することも盛んに行われています。どうして遺伝子側だけでなくタンパク質側からも構造決定する必要があるのですか？ 電車の構造について 福知山線の脱線事故、このような事故は二度と起こしてはいけない。私はこの事故について、なぜ脱線をしたのかなど、物理的に計算をしたいと思っているのですが、車両の寸法、構造など不明な点が多く、未知数を決定できません。車両の構造など詳しい方教えてください。 構造分析について この前実験でフェロセン{Fe(C5H5)2}に硫酸とKPF6を加え、フェロセニウム ヘキサフルオロリン酸塩{Fe(＋)(C5H5)2PF6(－)｝の結晶を合成したのですが、課題でこの塩の構造をどのような測定方法で決定できるかという問題がでました。どのようにしたら構造決定できるのかわかりません(>_<)赤外線スペクトル測定やＮＭＲだけではむりでしょうか… 何か試薬を加えるなど、良い方法を知っている方いましたら教えてください。出来れば仕組みも教えてくださると幸いです<m(__)m> Gaussianでの1原子計算（開殻）の最適な近似レベルはどれを使えば Gaussianでの1原子計算（開殻）の最適な近似レベルはどれを使えばよいのでしょうか？ N^-やCl^7+などの原子軌道のエネルギーを知りたいのですが rohf/3-21gではうまくいきませんでした。 不慣れなので、どれがどのような働きをするかと言うのもよく分かっていません。 どなたかよろしくお願いします。 Chem 3Dについて教えて下さい。 今、Chem Drawで描いた化学構造を、 Chem 3Dで立体モデルにしてます。 その構造を安定化したものに修正しようと思ったのですが、 「MM2」と「MOPAC」のどちらにも「minimize energy」とあります。 この2つの違いは何ですか？ すみません、初歩的な質問で・・・。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
補足
初期構造です。分子設計支援ソフトを使って作ったものをそのまま適用できるんでしょうか？