gaussianを使った配座エネルギーの計算

質問

gaussian 03 package を使って自由回転によって得られる配座ポテンシャルエネルギーを計算したいのですが方法がわかりません。
よろしくお願いします。
例えばCR4のようにCに側鎖が４つついていて特定のCとRの結合の二面角に準ずる自由回転によって得られる配座ポテンシャルエネルギーを計算したいです。

回答No.1

akz01 · ベストアンサー

「制限付きの構造最適化」により計算できます。
opt(z-matrix)またはopt(modredundant)です。

opt(z-matrix)はZ-matrix形式の時に使います。
opt(ModRedundant)はxyz形式で使います。
どちらでも良いと思います（厳密には違うらしいですが）。

例えば、opt(z-matrix)を使ってCH3-CH3のC-C結合周りの回転を計算する場合は以下のようになります。
//-------ここから-------
%nproc=1
%chk=C2H6_060.chk
#p b3lyp/6-31++g** opt freq

ethane

0 1
C
C 1 R00002
H 1 R00003 2 A00003
H 1 R00004 2 A00004 3 D00004
H 1 R00005 2 A00005 3 D00005
H 2 R00006 1 A00006 3 D00006
H 2 R00007 1 A00007 6 D00007
H 2 R00008 1 A00008 6 D00008

R00002 1.49
R00003 1.10
R00004 1.10
R00005 1.10
R00006 1.10
R00007 1.10
R00008 1.10
A00003 109.0
A00004 109.0
A00005 109.0
A00006 109.0
A00007 109.0
A00008 109.0
D00004 120.0
D00005 -120.0
D00006 60.0 F
D00007 120.0
D00008 -120.0

//-------ここまで-------
D0006の行の最後に"F"と書かれていますが、これは「D0006を60.0でFix」という意味です。
それ以外のパラメータに関しては最適化されます。

同様にして
D0006を0～360°で変えた構造を用意し、それぞれ計算し、それらのポテンシャルをプロットすればC-C結合まわりの回転のポテンシャルの図が得られます。

詳細な使い方はマニュアルを見ていただくのが良いと思います。
http://www.hpc.co.jp/gaussian_help/k_opt.htm

補足

丁寧な回答ありがとうございます。

勉強不足で申し訳ないのですが
なぜD0006（水素のうちの一つ）の二面角をfixするのでしょうか？

またwinmostarでgaussianを動かしたいのですがFixというのはどこで設定することができるのかをもし知っていれば教えていただけないでしょうか。