Sau３AIとBamHIの切断と連結方法

質問

ゲノムライブラリーを作成する際、Sau3AIはどのようにしてDNAを切断するのか、また、BamHIはどのように働いて連結させるのかがわかりません。曖昧な質問で申し訳ないのですが、ぜひ回答よろしくお願いします。

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

Sau3AIは4塩基配列GATCを認識して、CTAG-5'の突出末端を生じます。
BamHIは6塩基配列GGATCCを認識して、やはりCTAG-5'の突出末端を生じます。
突出末端同士が相補ですので、両者の末端はligation反応で普通に連結されます。このように、異なる酵素で切った末端が相補でligation可能なばあいcompatible-endといいます。

ゲノムライブラリーを作るとき、ゲノムDNAをなるべくランダムに（同じ切れ方をした断片がなく、断片同士にオーバーラップを生じるように）、かつベクターに入れるのにちょうど良い長さ（例えばλ系ベクターなら、15 kbから20 kbくらい）に切る必要があります。
6塩基認識のBamHIでは、ゲノム上に認識サイトが現れる頻度が低すぎるので、上記の条件を満足しません。
そこで、もっと頻度が高く現れるSau3AIを使って、しかも完全消化ではなく不完全消化をする（あるサイトについて、あるDNA分子では切れているけれど、切れていない分子もあるという状態にする）ことによって、上記の条件を満たします。

お礼

すごく詳しく説明していただきありがとうございました。
参考になりました。ありがとうございます！