pBR322DNA量の算定

質問

「１０ユニットの制限酵素Sau3AIで完全に分離できるpBR322DNA量を算定」したいんですが、その方法と解き方を教えて下さい。

回答No.1

MIYD · ベストアンサー

Sau3AIを使って"分離"することは出来ないというのが模範解答だと思います。
"完全"に"分解"は出来ないというのが次の模範解答だと思います。
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/difficult.html

制限酵素のユニットの意味は分かっていると思います。

まずは、Sau3AIのunitsはλDNAで調べられていますので、
http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0169.asp
λDNAのサイズと、1unitのSau3AIが1時間で切断できるλDNA中のサイト数を調べます。

次にpBR322中のSau3AI認識サイトとサイズを調べます

どこかにデータがあれば、線状のDNAと環状のDNAのSau3AIでの切れ具合の違いを計算に入れます。
(なければ省略してもいいと思います)

反応条件が指定されているのならば、バッファーによる活性の違いなども計算に入れます。

Sau3AIはdam methylationの影響を受けないので、これは気にしなくてかまいません。

両者のサイズと制限酵素認識部位の数の比率から、
10unitsのSau3AIが一時間で切断できるpBR322のug数を計算します。

さらに、Sau3AIは16時間反応させることにより、2倍のDNAを切断することが出来るので、
http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0169.asp
これを2倍します。
(これは、1時間で反応させる場合にはしません)

それから、完全に切断するためには10~20倍の酵素が必要といわれているので、
切断できるDNA量を1/10~1/20にします。

これが「１０ユニットの制限酵素Sau3AIで完全に分解できるpBR322DNA量を算定」する方法です。