PCRでDNAが増幅されないのは・・

質問

DNA断片をPCRで増幅し、電気泳動で検出する実験なのですが、「泳動バンドとして目に見えるほどまでは増えなかったサンプルでは、PCR反応中に何が起こっているか」という問いで、考えてもわかりません。どなたか教えてください。よろしくお願いします。

回答No.2

notime

解釈しにくいのですが、増幅しなかった原因も含めるかと思いました。
おそらくサンプルでは
（解離温度、伸長温度、アニール温度が適切でないため）、
DNA断片が一本鎖（二本鎖）にならなかった、酵素が働かなかった。

（伸長時間が短くて（DNA断片が長すぎて）、）酵素が最後まで増幅できかった。

などが考えられると思います。原因はまだありますが、
このようなところだと思います。

回答No.1

MIYD

問題の丸投げは‥

問題文の内容からすると、
「検出限界以下の増幅」は起きていることが前提で、
反応中に起こっていることなので、組成の問題ではありませんね。

実験と書いているので他にどのような前提条件があるのかわからないのですが、
例えば、
○機械が途中で止まった
○誰かが蓋を開けてしまい、水が蒸発して溶液の濃度が変わった
○高次構造をとってしまい、増幅が阻害された
○耐熱性ではないポリメラーゼが入っていて、失活した
○誰かがチューブにEDTAなどをいれて反応が阻害した
○テンプレートの量かサイクル数が少なくて十分に増幅しなかった
○テンプレートなどといっしょに持ち込んだプロテアーゼがポリメラーゼを分解した

などは、「泳動バンドとして目に見えるほどまでは増えなかったサンプルでは、PCR反応中に何が起こっているか」
の回答になり得ると思います。