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DNA断片をPCRで増幅し、増幅したものを電気泳動で確認するとバンドが
DNA断片をPCRで増幅し、増幅したものを電気泳動で確認するとバンドが確認できました。 そのPCR産物を使ってベクターにサブクローニングしたのですがまったくライゲーションできませんでした。 用いた方法はTAクローニングシステムです。 なぜサブクローニング出来なかったのか考えているのですが、PCR反応の際に用いたDNAポリメラーゼが3'にアデニンをうまく付加出来ないということはありえるのでしょうか? 他に原因が思い浮かびません。 どなたかアドバイスいただけないでしょうか。 よろしくお願いいたします。
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とりあえず、 ポリメラーゼの中には、産物の末端を平滑化するものがあります。特にHigh fidelityな酵素によくみられます。お使いの酵素が末端を平滑化してないか確認してますか?