オオサンショウウオについて

質問

私たちは高校の生物部の活動の一環として、オオサンショウウオについて調べています。
　本校に、大正時代に地元の池から捕ったオオサンショウウオのホルマリン漬けの瓶があります。今まではあまり気にしていなかったのですが、オオサンショウウオは岐阜以西が生息域になっており、私たちの住んでいる福島県にはいないはずです。それで私たちは、どうしてオオサンショウウオがこの地区に居たのかを知りたいと思うようになりました。
　本校には、文部科学省指定のSSH事業（スーパーサイエンスハイスクール事業）で設置されたサーマルサイクラーやDNAシーケンサーがあり、DNAが解析できる環境にあります。
　また、現在の段階ではDNAの抽出が終わっています。
　ここのオオサンショウウオが岐阜以西にいるオオサンショウウオと同一なのか、違うのか、是非本校の機器を用いて調べてみたいのです。オオサンショウウオ（サンショウウオ）の地域差（種差）がみられるDNA配列やその部位をPCR法で増やすためのプライマー配列などに関して何か情報をお持ちの方は、些細なことでも教えていただければ幸いです。

回答No.1

walkinoctopus · ベストアンサー

オオサンショウウオについてはまったく専門外ですが、一応遺伝系の研究職なので参考までに。

まず、オオサンショウウオと同一なのか違うのかというのは、新種という意味なのか、日本にいない近縁種のチュウゴクオオサンショウウオやアメリカオオサンショウウオかもしれないということなのでしょうか？
新種ということを考えているのでしたら、まず全ゲノム配列を解読することは現実的に不可能ですし、仮に異なる配列を見つけても個体差のSNPsなのか別種なのかを判断するのは困難です。
近縁種の可能性を考えているのでしたら、形態的な違いから判別できるだろうと思いますので、まずはそこを調べてみることをお勧めします。近縁種であることが確認できた上で、さらにDNA配列の違いを調べてみたいのでしたら、機器的には可能だと思います。ただ、現在ではヒトやマウス以外にもさまざまなゲノムプロジェクトがあってゲノム配列が公開されていますが、私自身はオオサンショウウオのデータベースは聞いたことがありません。。もちろんオオサンショウウオの研究者はいらっしゃって遺伝的な研究はありますが、近縁種との違いを調べたものがあって公開されているのかは私はわかりません。生物系のもっともメジャーな論文検索サイトであるPubmed(下記URL)で"Giand salamander"なんかのキーワードで探せばあるかも・・・？

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

お礼

地元で捕れたという記録しか残されていないため、詳細は不明ですが、これから形態的な面でも調査を進めていこうと思います。ありがとうございました。

回答No.4

suiran2

広島大両生類研究施設の三浦郁夫・助教授（遺伝学）の指導の元に，県立広島国泰寺高校の生徒たちがミトコンドリアのＤＮＡ（mtDNA）の全塩基配列を明らかにしたはずです。ですから比較は出来るのではと思います。どちらかに連絡を取ってみてください。

お礼

返答ありがとうございます。我々の学校でも既にコンタクトを取り、現在保留中となっています。

回答No.3

kumagerasu

こんにちは。私はある研究者のメーリングリストで、やはり専門的な研究の文献を教えてくださいと聞いたところ、そのぐらい自分で探せるようじゃなくちゃだめだ、とお叱りをいただいたことがあります。

そうやって叱られて教えてもらった方法がこれですので、ためしてみてください。

Google Scholarという研究論文を検索できるサイトがあります。
http://scholar.google.com/

これに、キーワードとしてたとえば、オオサンショウウオの学名と、適当なキーワード、たとえば次のようなもの

Andrias japonicus genetic difference

を入れて検索すると、いろいろ関係のありそうなものが出てきます。ダウンロードするのは有料という論文もありそうですが、数千円のことでしょうから、天下のスーパーサイエンスハイスクール(^^;)であれば、何でもないかもしれません。

お礼

返答ありがとうございます。英語で大変そうですが、これからすぐに調べてみようと思います。

回答No.2

24blackbirds

環境省のプロジェクト研究か何かでミトコンドリアDNAをもちいた多様度指数を算出したところ、日本産のオオサンショウウオの遺伝的多様度は非常に低いことがわかった、という研究があったと思いますが、手元に文献がありませんので詳しいことはわかりません、d-loopをもちいていたのか、cytchrome bだったか、等々。また、オオサンショウウオでユニバーサルプライマー（種の壁を越えて幅広く利用可能なプライマー）が利用可能だったかも記憶にありません。

DDBJ-NUC（遺伝情報のデータベース）にオオサンショウウオ（Andrias japonicus）の遺伝情報が10件、Andrias属全体では51件寄せられています。その中にアクセッションナンバーAB208679でオオサンショウウオのミトコンドリアDNA の全ゲノム情報が掲載されていますので、そのあたりを参考にされてはいかがでしょうか。中途半端な情報で申し訳ございませんが、手がかりにでもなりましたら．．．。

お礼

ユニバーサルプライマーについてはすぐに調査してみます。調べ始めるとっかかりとなるものがなかったので大変参考になります。ありがとうございました。