#2です。
少し補足します。
発酵とは、学術的には、生物がエネルギー生産のために行なう分解代謝のことを示し(*)、慣用的には、微生物の増殖を伴う人間に有用な変化のことを言い表す言葉として使われますね。
(*)酸素を用いない過程が多いですが、
酢酸発酵、クエン酸発酵
のように、酸素を用いる過程も発酵と呼ばれます。
(狭い定義では、無酸素状態での糖質の分解のみを指すようですが)
そのような背景から、微生物が関わる人間に有用な物質変換を全て指す言葉として用いる人が、学術界にも出てきたようです。
(つまり、元の定義から外れる領域まで拡張された再定義)
例えば、微生物を使って、グルコースから機能性セルロースなどを生産する場合、「発酵生産」という言葉を使うことは、本来の「発酵」からは外れますが、微生物を培養して作り出すという共通点から、受け入れやすいととる人も多いでしょう
そんななかで、元来の「発酵」とは違うものであるからこそ、あえて「高分子発酵」なる言葉を使っているのでしょう。(低分子発酵という言葉は、高分子発酵と言う言葉を使うときに、あえて通常の(通常にちかい)発酵を指す言葉として使うのでしょう。)。
とは言え、googleでも"高分子発酵"で検索すると(引用符で括ったフレーズ検索)、15件しかヒットしませんから、そのなかに大学の教科書・シラバスなどが含まれるとはいえ、一般(学術界でも)に通用する言葉とは言いがたいでしょう。
ですから、授業で先生が使ったり、教科書に書いてあったら、上記のように理解すればいいでしょうが、自ら無説明で使うことは控えた方がよさそうですね。