「は」と「が」の違いについて教えてください
少し長くなりますが、理解している部分を説明し、その後に疑問を問いかける形式で質問させていただきます。
基本的には「は」は主題を表すのに対して「が」は主語を表します。よって、“ゾウは鼻が長い”などの文では、言い換えれば“ゾウについていえば（主題）、鼻が（主語）長いです”という風になります。もちろん、大抵の場合は文の主題と文の主語は同じなので「は」と「が」の使い分けが難しくなります。
しかし、文の種類によっても「は」と「が」の使い分けは異なりますので、それを参考にするとより使い分けが分かりやすくなるのでここで付け加えておきます。「は」は名詞文や形容詞文の時に用い、「が」は動詞文の主語に用います。よって、以下のような例が挙げられます。
佐藤さんは社長だ。（名詞文）
佐藤さんはやさしい。（形容詞文）
佐藤さんが来る。（動詞文）
これらの文は皆、「は」と「が」を入れ替える事は可能ですが、そうすると意味が異なります。名詞文と形容詞文では「が」を用いると、主語の“佐藤さん”の他を除いた意味が強調されます。よって主語以外を排除した意味の、“社長／やさしいのは他の誰でもない、佐藤さんです。”という意味になるのです。同様に、動詞文での格助詞の置き換えも、ここでは「は」を用いる事により他の人を排除した、“来たのは佐藤さんであって他の誰でもない”という意味の分になります。
しかし、ここで疑問があります。というのも同じ動詞文でも次のような文では「は」を用いる事が通例だということです。
佐藤さんは日本から来ました。
佐藤さんはすしを食べます。
などです。これはどうしてなのでしょう？なぜ理由・場所や目的語が入ると文法のルールが効かなくなるのでしょう？“佐藤さんが日本から来ました”ではどうしても主語が強調された形になってしまい、上記の一般的な文法書での説明とは異なってきます。また、次のような例を見ると余計複雑になります。
(1)ゴジラは海から来ます。
(2)ゴジラが海から来ます。
動詞文なので(2)が正しいはずですよね？でも、動詞文＝「が」＝通常（強調ではなく）という一般説では、説明がつかない事が分かります。(2)では主語のゴジラが強調されているからです。（これは主語を佐藤さんに置き換えても同じ事です）
もしかすると、「は」と「が」の主な違いには、さらに「は」は反復的動作や習慣を表し、「が」は一つのある時点での動作を表すのではないでしょうか？ただ、そうだとすると、“動詞文＝「が」が一般的”説は崩れてきます。
誰か文法的になぜ動詞文では「が」を使うのか、それは「来る」という不規則動詞意外の他の動詞を使った時も有効なのか、またそうなら、なぜ目的語などを文に入れると、「が」が「は」に変わるのか、そしてその変わった文は果たしてまだ「動詞文」といえるのか、という点について教えてもらえると嬉しいです。（あとちなみに形容動詞文はどう区別されるのでしょう？）（あっ、それと、もし形容詞文には「は」が主語を表す格として使われるのなら、なぜ初めの例の“ゾウは鼻が長い”では「が」を使うのでしょう？）
