交通費に消費税かけるのはおかしい？
まだかけ出しのフリーのライターです。いろんなサイトを見て，個人事業者であっても（また年間売上が1000万を超えるかどうかわからなくても）請求額に消費税はかけていいというご意見が多いことを知りました。それで私もそのようにしたら，たちまちへんなことが発生しています。
例えば：1泊である場所に取材。仕事は取材・撮影，原稿執筆
請求項目：
取材撮影料 30,000
原稿料： 70,000
交通費： 電車 500円
新幹線 10000円
タクシー 2000円
宿泊費： 10,000円
上記の合計は122,500円ですから，それに対する消費税6125円を加えた
128,625円を請求しました。122,500円が報酬（ただし，交通費と宿泊費は実費であり，1円も余分に請求していません）なので，その10％が源泉され，源泉後の110,250円に6,125円を加えた116,375円が振込み額，というつもりで請求書をおこしたところ，
1) 交通費には消費税をかけてはいかん（宿泊費にはいい）
2) 交通費と宿泊費のどちらにも消費税をかけてはいかん
ということを異なる会社の担当者から言われました。
それとは別ですが，領収書のコピーをつけろというところも結構あるのですが，これはなんのためですかね？宿泊費やタクシー代を上乗せしていないことを確認するためですか。でも，タクシーはともかく，ホテルや交通（飛行機など）の手配だけでもそれなりにこっちは時間をとっているんだから10％や20％くらい乗っけても当然なんじゃないでしょうかね（実際はしません[できません]が）。そういうことを言うのであれば，飛行機や新幹線のチケットは用意してこちらに送ってきてもらい，タクシーは常に一緒にのって会社のひとが払い，ホテル代も発注者が払うか，発注者の会社に請求書が回るようにしてもらいたい，と思うのですが....。請求した金額が振込まれるよりも，カードの支払が先に来ることが結構あるのですよ。すいません，愚痴になりました。
もう一つ，真面目な質問です。
例えば，新幹線代などは当然内税表記されますよね（例えば10,000円とします）。
ホテルの領収書などはどちらもあると思うのですが，
(1)10,000円，消費税500円，合計10500円と表記されている場合と
(2)10500円と表記されている場合（この場合は内税ですよね）
で違いはありますか？
この場合，新幹線代10,000円，宿泊費10,500円（(1)の場合でも(2)の場合でも），合計20,500円が旅費交通費で，請求はこれに対して消費税5％を加えた，21,525円，でいいんじゃないでしょうか。
最近，また別の会社の担当者から，外税の宿泊費[(1)の場合]10,000円に対しては（私の請求書で）消費税をかけてもいいが，新幹線は内税だから消費税をかけてはいかん，とかもうなにがなんだかわからんこと言ってきます。
消費税というのはすべて税込み金額に対してかかっているものなんじゃないでしょうか。消費税がかからない取引（商品）というのは，保険とか土地とか，医者の支払とか，いくつか決まっていますよね。それ以外はみな消費税対象ではないのでしょうか。
お礼
早々のご回答ありがとうございました！
補足
早速のお返事ありがとうございました！そうですよね！作業代金値下げになりますよね！説明では値下げでは無くあくまで内税なのでと言う話だったので暫し会社の出方を静観していたのですが、あまりにも何の話もないのでこちらから問題提議しようという話になりました！