輸入時に払いすぎた税金を取り戻すには？

質問

海外のネットショップからオーダーフォームで商品を購入しました。
画面上では60万円くらいの金額ですが、購入する個数などに応じて値引きされるため
正しい金額ではなく、クレジット決済後に値引きが反映された金額で請求される
ようなシステムになっています。実際には値引きにより40万円くらいの金額となりました。

商品が届いた時に運送会社に税金を支払った金額は30100円でした。
輸入(納税)申告書を見ると、値引きされる前の60万円の金額が書かれていて、
そのため、その金額に5%の消費税を取られていました。
実際には40万円の商品のため2万くらいで済むはずで、1万程度余計に
払ったことになります。この消費税を取り返すことはできるでしょうか？
クレジット明細などから40万円の商品ということは証明できます。

回答No.1

MSZ006

こちらが参考になると思います。（I.申告納税方式の場合）
http://www.jetro.go.jp/world/japan/qa/import_01/04A-011227

が、それよりもまずは運送業者に問い合わせてみてはどうでしょうか。
（おそらく、販売業者の作成したインボイスの金額が間違ってるのだと思いますが・・・）