登記されている地役権とは通行地役権でしょうか?また、いにょうちによる地役権ではないですよね?
場合わけで書いてみます
1.隣地の通行地役権の場合
消すには地役権者の承諾と権利消滅による保障金を請求される可能性があります。賃料をもらっているとたいていは保証金を請求されると思います
2.隣地のいにょうち通行地役権の場合
隣地が道路に接しているなら、隣地の承諾を得て抹消の登記を行えます。隣地の方に申請してもらう必要があります
3.隣地以外の地役権(通行地役権以外)の場合
1とほぼ同じです。
抵当権は土地に設定されているなら気にする必要がありません。というか、通常土地購入の時は抵当権の抹消を行なう契約となっているはずです。残ったままで購入するとリスクがありすぎますよ。消滅請求とかされるなら別ですが…