レポーターアッセイをするためにトランスフェクションしたプラスミドは細胞

質問

レポーターアッセイをするためにトランスフェクションしたプラスミドは細胞内でヒストンによる調節を受けるのでしょうか？

回答No.1

larme001

これは疑問に思ったことがあります。
結論は、「一応、そうなるといわれている。」というのが答えでしょう。
たぶん探せばどこかでそういう論文を見つけることが可能かと思いますが、
ヒストンタンパクによる修飾はおそらくある程度は安定性の問題から自然に
起こるものなのではないかと思います。「それがどこまで実際の細胞内における個別のプロモーター
状態を反映するか」という点に関しては少し難しい議論かと思いますが、少なくともエピジェネティックな機構でレプレッションするといわれている実験系でも問題なく用いられていることからもおおむね反映しているということでしょう。また、最短数十bpsぐらいのプロモーターアッセイもよく見ますが、それに関しても一応プラスミド全体では数kbpsぐらいはあるので変わらないということなのでしょうか？

真核生物の転写機構については、まだ完全にわかっていない部分もあると思うので、そういうことをやっている研究室もまだあるのではないかと思います。

プロモーター活性を示す点だけでは、通常はそれ以外の方法も含めていくつか別の観点からその機構の有無を示すので、あくまで「ひとつの結果」ととらえればそれらに矛盾がなければあまり深く考えなくていいのだと思います。無論分野とかにもよるでしょう。

お礼

ありがとうございました。

他にも、RT-PCRでメッセージは上がるのに、プロモーター活性が上がらないということがあります。プロモーターアッセイはトリッキーな側面があるので、なかなか難しいです。