PCRのサイズマーカーとは？

質問

ご存知の方、よろしくお願いいたします。できるだけ詳しく知りたいと思っていますので、良いサイトなどがありましたら、ご紹介ください。

アガロースゲルを用いたPCRです。

今のところの疑問点です。
マーカーというのは、目的遺伝子が含まれている箇所を増幅した時、それがうまくいったかどうか確認するための物差だ、ということでいいでしょうか。

しかし、たとえば、マーカーが1000bpの場合、そのマーカーの箇所がいくつも線が入っていて、どれが目的の塩基対の長さになるのか、どうしたらわかるのでしょうか？

よろしくお願いします！

回答No.2

owata-www · ベストアンサー

＞それとも、実験によっては、1000bpだけ入ったマーカーもあるのでしょうか？
1000bpだけ入ったマーカーは聞いたことはありませんね、だって1000bpのものしか測れませんから

＞たとえば1000bpならば、ウエルから一番遠いところが100だとして、そこから10番目の位置が、1000bpだと考えるのでしょうか？
そうですね、ただ、100bpが流れきっていないことが前提です。ゲル濃度や使う色素(BPB,XCなど)によって目安は違いますが、まずはマーカーを流しきらないことが重要です。

ただ、流しきったとしても上から数えればいいことですし、基本的に分子量マーカーは一定数（200bpごとなら1000bpと2000bpとか）濃くなっているので、それを見れば大体わかることかと

お礼

どうも有り難うございます。

URLも拝見しました。勉強になりました。
今後の実験で、もっと注意して、マーカーの部分を見てみようと思いました！

回答No.1

owata-www

とりあえず過去質問より
http://okwave.jp/qa1420756.html?ans_count_asc=1

＞マーカーというのは、目的遺伝子が含まれている箇所を増幅した時、それがうまくいったかどうか確認するための物差だ、ということでいいでしょうか。
いいです

＞マーカーが1000bpの場合、そのマーカーの箇所がいくつも線が入っていて、どれが目的の塩基対の長さになるのか、どうしたらわかるのでしょうか？
これの意味がわかりません、マーカーの1000bpにあるのは１バンドのみになるはずです

どのような状況なのかもう少し詳しく補足にお願いします。

補足

すみません、表現が悪く、誤解を与えてしまいました。

実験で使われていたマーカーは、100bp、200bp…と、100ずつのものがいっぱい入っていたように記憶しています。マーカーのところが、規則的に何本も線が入っていました。
こういう場合、たとえば1000bpならば、ウエルから一番遠いところが100だとして、そこから10番目の位置が、1000bpだと考えるのでしょうか？　それとも、実験によっては、1000bpだけ入ったマーカーもあるのでしょうか？

お願いいたします！