PCRにおける偽陰性の確認

質問

PCRにおける偽陰性の確認
マウスの臓器からDNAを抽出し、病原体検査の確立を検討しています。
その際に、偽陰性を確認するため内部標準物質であるactinのprimerを添加しPCRをしバンドが出れば、正常にPCRが行われているという判断ができます。しかし、ゲノムDNAの位置にはほとんど見えない薄いバンドしか認められず、偽遺伝子として違う箇所にかなり濃いバンドが認められました。偽遺伝子でバンドが認められたことで、正常に遺伝子が増幅されたといこうとの判断になりますでしょうか？教えてください。

回答No.1

stringf35 · ベストアンサー

＞偽遺伝子として違う箇所にかなり濃いバンドが認められました。

偽遺伝子というのは一般的な意味でのpseudogeneでしょうか？
actinのpseudogeneが報告されていて、そのプライマーペアの
配列をもっていて、増幅されたバンドをクローニングして
配列を読んだら、そのpseudogeneと一致しているというのなら、
その偽遺伝子が増幅されたと判断して問題ない気がします。

ですが、偽陰性を排除するためのポジティブコントロールとして、
actinを検出する目的で設計したプライマーを使ったのに、
actinそのものを検出できていない、というのは若干信頼性が低下しますね。

お礼

偽遺伝子というのは一般的な意味でのpseudogeneです。
actinのpseudogenは報告されています。
ここで、このプライマーを使ったのは反応が正常に進んだかを確認するためです。
いただいた意見を参考に判断したいと思います。
ありがとうございました。