多型マーカーについて

質問

申し訳ないですが訂正をさせていただきたく再投稿させていただきました。不快に思われる方がいらしたら申し訳ございません。
多型マーカーを使ってある劣性遺伝の病原変異遺伝の遺伝子座を特定するのは、
１．その症患を発症している家族のうち、子供に発症者がいて、両親共にその病原変異遺伝子をヘテロに持っている家族を選定し、
２．特定の多型遺伝子と病原変異遺伝子が分離して遺伝する頻度を調べる。
３．同様の症患の家族でサンプル数を増やし、より正確な組み換え頻度を求めていく
４．遺伝子座の推測
となっている（分子細胞生物学　上巻　H.Lodish氏他　東京化学同人：8章　細胞生物学における遺伝学的解析）ようですが、質問は

１．人間の場合検定交雑が出来ない上に、目的とする病気を発症しているという表現型以外に利用できる手法がないことから発生する疑問なのですが、そもそもどのように遺伝子地図を作るところにたどり着くのかが分かりません。
　また、おそらく塩基配列は分かっていてもどこに病原遺伝子があるか分からないという状態かと思うので、4本の相同染色体のどの2本に病原遺伝子があるか分からず、結果4種類あるであろう多型マーカーのどれがそもそも病原遺伝子と一緒にあったかが分から無い気がするのですが、これもどのように遺伝子地図を作るところにたどり着くのかが分からないもとになっています。
２．多型遺伝子はある特定のものと判断できる程の相同性があるのか。つまり、とある二人を採ってきてある特定の多型遺伝子がだいたいこの位置にあると分かるだけの何らかの相同性が見出せなければ位置的根拠になりえないのではないか。ということです。

どなたか答えていただけるとありがたいです。お願いします。

回答No.2

genogeno · ベストアンサー

詳しく書いている本を読んでみることをおすすめします。「遺伝子の狩人」（化学同人1992年）は遺伝子ハンティングについてよく分かり大変参考になります。制限酵素断片長多型（リヒリプ）を使ってのハンチントン舞踏病遺伝子発見は１２５ページあたりに書いてあります。
　最近のものではワトソンの「ＤＮＡ」（講談社2003年）の第１１章にも書かれています。ワトソンの本はＤＮＡ全般について彼の意見をまじえて非常におもしろく解説されていますが、遺伝子ハンティングについては１つの章で触れているだけですからちょっと物足りないかもしれません。

　２についてですが、「多型遺伝子」とおっしゃっているのものは多型マーカーのことと思います。多型マーカーは「ある特定のものと判断できる程の相同性があるもの」であるという条件が必要です。そうでなければもはやマーカーとしては使い物になりませんのでご注意下さい。

　１について上記の本を読んで欲しいのですがちょっとだけコメントを・・・。DNAにあるたくさんの制限酵素断片長多型のうち、病原遺伝子とごく近くに連鎖していてある家系で遺伝病とつねについてまわっている制限酵素断片長多型のＤＮＡ断片をみつければいいというのがポイントなのですが・・・。

回答No.1

Freeuser

ヒトとチンパンジーでは塩基配列の約1.2%が異なるとされていますが、二人のヒトの間で異なる塩基配列の割合はほんの0.1%です。この平均1000塩基に1個の多型を見つけ出して、マーカーとするんでしょう。マーカーというくらいですから、きちんと場所（何番染色体のどこ）をマークしているわけです。マーカーは多型の起こる「場所の目印」ですね。

　ヒトゲノムプロジェクトで、ヒトの全ての塩基配列を読み終わりました。
ということで、何番染色体のどこどこにこのような塩基配列がありこのような多型がある、というのはどんどんデータベース化されています。

　相同染色体は、父親由来の1本と母親由来の1本、計2本です。ある病気が多発する家系を調べていて、その病気を持つ人は必ずあるマーカーの多型のうちの1パターンを持つことがわかれば、そのマーカーの場所の近くに原因遺伝子がある可能性が在ります。というより、ほぼ必ず連鎖するようなマーカーを探すのです。

しかし、1つの家系（家族）では確信がもてませんから、サンプル数を増やさなくてはならないのです。Zippolinさんのおっしゃるように、「母親、父親、子供一人」の家族一つだけではほとんど何もわからないでしょう。でも、サンプル数を増やせば、少しずつわかってきます。

別の家系で同じ病気の人は、上と同じマーカーなんだけど別のパターンを皆が持っているかもしれません。別のパターンでも、ちゃんと連鎖してればいいのです。
そして別の家系では・・・

そうして、じゃあそのマーカーのある場所の付近にはどんな遺伝子があるんだ？病気を持ってる人と持ってない人でどう違うんだ？調べてみようか・・・という展開になるのでしょう。

これでいかがでしょうか？

お礼

貴重な時間を割いていただき本当にありがとうございました。

補足

答えていただきありがとうございます
非常に参考になりました。

ただ一つあるのですが、劣性病原変異遺伝子どれだか分からない状態だと思うのですが、
そうすると遺伝子が親のどちらの相同染色体にあるのかすら分からないか思われ、連鎖をどうやったら調べるのかが最後に分からないです。

本当に申し訳ないです。