凍結乾燥時のDNAの状態について

質問

現在私は、核酸を用いて実験系内の共存物との相互作用を検討しています。
使用する核酸は凍結乾燥したものに水を加えて濃度調節しています。
しかし、凍結乾燥時の核酸が"粉状になったもの"と"透明な膜状になったもの"とで
相互作用の状態が全く異なってしまいます。
実験条件等は同じです。

・なぜ同じ凍結乾燥機を用いながら、異なる二つの状態にドライダウンされるのか

ご存知の方、同じような体験をされた方、宜しくお願いいたします。

回答No.1

teru-arai · ベストアンサー

フィルム状のサンプルになったのは乾燥の途中で氷が溶けて液体になってしまったためだと思います。凍結乾燥じゃなくて、エバポレーターでDNA溶液を乾燥させた状態になったんじゃないですか？

お礼

ご回答ありがとうございます。

『乾燥の途中で氷が溶けた』とのご回答が
『途中で装置が止められた』という事実にたどり着きました。

途中で氷が溶けると、単にサンプル濃度が高くなるだけであり
ドライダウン時の状態に違いはないと考えていたのですが、実際は違うようですね。
どういうメカニズムで、凍結乾燥中のサンプルが一度再溶解してしまうと
白い粉状にドライダウンされるのかがとても気になるところです。

当方、エバポレータでDNAを乾燥させたことはないのですが
完全に透明なフィルム状であることは確かです。
エバポレータで乾燥させるメリットを含め
今後の指針に応用させて頂ければと思います。

ご回答ありがとうございました。

回答No.2

geneticist12

不純物の含み方が違うのかもしれません。MASSにてもかければ、簡単に不純物を検出して比較できるのではないかと思います。

もっとありそうかなと思うのは、結晶水の残り方が違うのではないかなと。
減圧乾燥すると結晶水を失い、溶解しにくくなったり、二本鎖DNAの場合は解離してしまったりします。合成機で合成したオリゴDNAなら別ですが、普通のDNAならエタノール沈殿で回収して、沈殿は自然乾燥するのが良いです。

お礼

ご回答ありがとうございます。
念のため、異なる状態のサンプルを再度水に溶解させ、MASS見てみました。
しかしながら不純物と見られるピークは見あたりませんでした。
とはいえ手持ち技術はMALDI-TOF-MSですので、正電荷帯びてたり
補足できないほど高分子のものなら見逃してる可能性はありますが。

二つ目にご回答頂いた結晶水の残り方はかなりピンと来るモノがあり
同じ研究室で実験してる人に確認取りました。
どうやら白い粉が出来た時は、私がドライダウンしている間に
自分のサンプルを入れるため、装置を一旦停止していた様です。

一方、フィルム状にドライダウンされたサンプルは
私が深夜に掛けたものであり、誰も手を触れる機会がなかったことが分かりました。

理由は分かりませんが完全にドライダウンが終わってない状態で
装置を止めると、白い粉状になる・・・というのが一番有力でしょうか。

相互作用の状態が異なってしまう原因は未だ不明ですが
疑問が一つ解消されたように思います。

ご回答ありがとうございました。