遺伝子関係のツールもしくはwebサイトを探しています。

質問

あるタンパク質がその種の中で構造上似通ったものがないことを示すためのツールってありますか？
たとえばそのタンパク質をマウスの持つ全遺伝子と比較して系統樹を作成できるようなものがあれば教えてほしいのですが。
自分で探しては見たものの、種間を比較するものばかりで見つけられません。
どなたかご存知の方がいらっしゃれば教えてください。

回答No.2

noname#137779

ncbiのblastサーチを私は使っています。
ただ、系統樹を作るのは難しいかもしれません・・

回答No.1

tunertune

>たとえばそのタンパク質をマウスの持つ全遺伝子と比較して系統樹を作成
それって意味あるんですか？

私が知っているのは、おそらくすでに知ってらっしゃると思いますが、
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
くらいです。

お礼

ありがとうございます。
上述したのは例えなのですが、具体的に僕がやりたいことは、ある新規遺伝子がどのファミリーにも所属していない、ということを記したいのです。と言ってもキナーゼなので、キナーゼファミリーには入るのですが、その中にもチロシンキナーゼやセリンスレオニンキナーゼなど色々ありますよね。それらに属していない事を系統樹的に記せるならわかりやすいだろうと思ったのです。イメージとしてはその遺伝子が系統樹の中で他のキナーゼと離れてポツンと記されている感じです。まぁ力技でできないこともないのですが、こういうことを行うのに良いツール、サイトがあれば、と思ったので質問させていただきました。