アルカリアガロースゲル電気泳動について

質問

アルカリアガロースゲル電気泳動についてお聞きしたいのですが、通常のアガロースゲル電気泳動とはどのように違うのでしょうか？
　また、アルカリアガロースゲル電気泳動を行う場合に、詳しい実験系（試薬の分量など）を知りたいのですが、文献を調べても詳しい分量がなかなかわかりません。参考になる本など、もしくは詳しい分量をご存知の方は教えていただけないでしょうか？よろしくお願いします。

回答No.1

geneticist12

文献も何も、「Molecular Cloning」に出ていますよ（この手の仕事をしているところでこの本を置いていないはずない、、、、はず）。

アルカリ条件でDNAを一本鎖に解離した状態で電気泳動する方法です。
cDNA合成で、1st strandのサイズの検定をしたり、S1 mappingに使う一本鎖DNAプローブを精製するのに使ったりします。

簡単に説明すると、50 mM NaOH/1 mM EDTAの泳動バッファー（サンプル溶液、アガロースゲルもこの組成で）、泳動します。かなり熱が発生し（ときにゲルがとろけるほど）、電流もたくさん流れますので（ときにフューズが切れることも）、電圧は普段よりだいぶ低めにして、低温室でおこなうといいでしょう。また、アルカリ条件下でアガロースを加熱すると、加水分解してゲルの性能が悪くなります。まず、水に懸濁して溶かして冷ましてから10 x bufferを加えるとか、NaOHの代わりに同じ濃度のNaClで溶かしゲルを作ってから、泳動バッファーに浸けて平衡化してから使うとかします。