こんにちは。
まず、今回に関係することを書き出して見ます。
■交通費
・ご存知のとおり、交通費は基本的には非課税ですが、勤務形態により課税されない金額の上限が決められています。
[所得税法施行令]
（非課税とされる通勤手当）
第20条の２ 法第９条第１項第５号（非課税所得）に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる通勤手当（これに類するものを含む。）の区分に応じ当該各号に定める金額に相当する部分とする。
1．通勤のため交通機関又は有料の道路を利用し、かつ、その運賃又は料金（以下この条において「運賃等」という。）を負担することを常例とする者（第４号に規定する者を除く。）が受ける通勤手当（これに類する手当を含む。以下この条において同じ。）その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額（１月当たりの金額が100,000円を超えるときは、１月当たり100,000円）
2．通勤のため自転車その他の交通用具を使用することを常例とする者（その通勤の距離が片道２キロメートル未満で ←【注目】 ある者及び第４号に規定する者を除く。）が受ける通勤手当次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額（ハからヘまでの場合において、１月当たりの金額が100,000円を超えるときは、１月当たり100,000円）
イ その通勤の距離が片道10キロメートル未満である場合
１月当たり4,100円
ロ その通勤の距離が片道10キロメートル以上15キロメートル未満である場合
１月当たり6,500円
ハ その通勤の距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合
１月当たり11,300円（その者が通勤のため交通機関を利用したとしたならば負担することとなるべき運賃等で、その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法によるものの額に相当する金額（以下この号に和いて「運賃相当額」という。）が１月当たり11,300円を超えるときは、当該運賃相当額）
ニ その通勤の距離が片道25キロメートル以上35キロメートル未満である場合
１月当たり16,100円（その運賃相当額が１月当たり16,100円を超えるときは、当該運賃相当額）
ホ その通勤の距離が片道35キロメートル45キロメートル未満である場合
１月当たり20,900円（その運賃相当額が１月当たり20,900円を超えるときは、当該運賃相当額）
ヘ その通勤の距離が片道45キロメートル以上である場合 １月当たり24,500円（その運賃相当額が１月当たり24,500円を超えるときは、当該運賃相当額）
3．通勤のため交通機関を利用することを常例とする者（第１号に掲げる通勤手当の支給を受ける者及び次号に規定する者を除く。）が受ける通勤用定期乗車券（これに類する乗車券を含む。以下この条において同じ。）その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による定期乗車券の価額（１月当たりの金額が100,000円を超えるときは、１月当たり100,000円）
4．通勤のため交通機関又は有料の道路を利用するほか、併せて自転車その他の交通用具を使用することを常例とする者（当該交通用具を使用する距離が片道２キロメートル未満である者を除く。）が受ける通勤手当又は通勤用定期乗車券その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額又は定期乗車券の価額と当該交通用具を使用する距離につき第２号イからヘまでの規定に準じて計算した金額との合計額（１月当たりの金額が100,000円を超えるときは、１月当たり100,000円）
■旅費
旅費についても、次の旅行に必要な支出に当てるために支給される金品で、通常必要と認められるものは非課税になります。
(1)勤務する場所を離れて職務を遂行するために行う旅行
(2)転勤に伴う転居のための旅行
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以上から、ご質問についてですが、
>従業員に支給します交通費なのですが、車通勤でも一律定期代の金額を支給しています。車通勤の場合、調べましたら2キロ以内で4100円が控除額になっていましたが、車できたり電車で来たりする方がいるのですがその場合はどうなるのでしょうか？（会社の用事でどこかに行くときに使用するとき）
・まず、「2キロ以内で4100円」ではなく「2キロ以上で4100円」が正しいです。もし、片道が2キロ未満ですと全額が課税対象となりますので、控除できなくなります。
・今回のケースは、主たる交通手段の区分で、交通費の非課税額を当てはめていただければよいです。
例えば、主に車で通勤されている方については、片道2キロ「以上」で10キロ未満までてしたら、月額4,100円までの交通費については全額が非課税ですし、それを越えた部分については課税の対象になります。 また、電車で通勤されている方は、10万円までは非課税です。
・車通勤の方が職務で電車で直接仕事場所に行かれた場合や、電車通勤の方が車で行かれることがあった場合は、それに要した費用は「交通費」ではなく「旅費」に当ると思われますから、その部分の金額は「交通費」ではなく「旅費」として取り扱う必要があります。
・ですから、例えば4,100円まで交通費として控除される方が、5,300円の「交通費」を貰っておられる場合は、差額の1,200円は「交通費」として支給している場合は課税対象になります。
ですから、非課税とするには「旅費」として取り扱う必要があります。
・ただし、例えば月額1,200円が「旅費」と考えた場合、月額で給与とともに支払われるものは、「旅費」ではなく「給与所得」に当り課税されます。
しかし、明らかに上記の「■旅費」に当るものでしたら、「旅費」相当のものとして非課税で処理しても問題はないです。
[所得税基本通達]
（年額又は月額により支給される旅費）
２８－３ 職務を遂行するために行う旅行の費用に充てるものとして支給される金品であっても、年額又は月額により支給されるものは、給与等とする。ただし、その支給を受けた者の職務を遂行するために行う旅行の実情に照らし、明らかに法第９条第１項第４号《非課税所得》に掲げる金品に相当するものと認められる金品については、課税しない。
http://www.nta.go.jp/category/tutatu/kihon/syotok/04/03.htm
>５３００円支給している交通費をそのまま控除していいのでしょうか？
・以上のとおり、「交通費」として控除される限度額を超えている部分は、「旅費」に当る金額として合理的な金額でしたら、「旅費」として非課税にしてもよいですから、その場合は全額を控除しても問題は無いです。
>あと、会社の用事などで電車や車で行ったときの交通費や駐車場代などはまとめて給料日に支払っているのですがこの金額はどうなるのでしょうか？
・これはまさに「旅費」ですから、全額が非課税です。
>手当などは給料に入れていいのですよね？？
・給与に当らない手当てがあります。例えば、主なものですと、
通勤手当
旅費
宿日直費
交際費
夜間勤務者の食事代
なとなどです。なお、こういった手当てについても、内容によっては給与に当る場合もあります。
・ですから、手当ての内容が分からないと、お答えが難しいです…
手当の内容を補足していただければ、分かる範囲でお答えは出来ると思います。
お礼
お答え頂きありがとうございます。 会社とその従業員とでは車通勤との取り決めはありません。 会社自体に車がないので現場などに行くときなどに前日社長のほうから言われ車で来てもらってます。 なので３分の１が車、３分の２が電車という感じです。 手当は家族手当で子供一人に付き毎月１万円を支給しております。