タンパク質の略号（？）を教えてくれるwebサイトをご存知ありませんか？

質問

論文の査読者にタンパク質の名前をもっと縮小するように要求されました。例えば、「cytochrome bd protein」は、「CydR」と略すことが出来るそうです。ですのでこうしたタンパク質の略号を知りたいのですが、このあたりの話にあまり詳しくないため困っています。今回のようにタンパク質の略号を知りたいとき皆さんはどのようにしていらっしゃるのでしょうか？略号に変換してくれるようなwebサイトなどがあるのでしょうか？他、「histidine protein kinase」など複数のタンパク質を変換することが求められています。どなたかご指導宜しくお願い致します。

回答No.4

y056gb · ベストアンサー

確かに「histidine protein kinase」では特定のタンパク質を表すものではないでしょう。特定するならばNo.3さんの仰るように、文献を当たるしかないと思います。もしくは、塩基やアミノ酸の配列が分かっているのならばそこから検索することもできるのではないでしょうか。総称として使うならば略さなくていいと思いますよ。
また、遺伝子/タンパク質名は発見者（というよりは解析した人）が、主にその機能に基づいて命名します。ある生物での名称が、他の生物種のホモログにそのまま適用されたりもしますが、別個に解析されていると、明らかなホモログでも全く別の名前が付いていたりするので、必ずPuseudomonasでの名前を調べる必要があります。

回答No.3

TCA

"histidine protein kinase" は、タンパク質のヒスチジン残基をリン酸化する酵素の総称だと思います。おそらくリン酸化するターゲットのタンパク質によって略称も変わるのではないでしょうか。そちらで扱われているhistidine protein kinase によってリン酸化されるタンパク質がおわかりになるのでしたら、論文検索をされる時に、その名前を"histidine protein kinase" と一緒に入力してみてください。文献の検索結果が絞られると思います。

回答No.2

TCA

文献検索サイトでタンパク質の名前を、フルネームで検索見てはいかがでしょう。略称があれば文献中で使用されていると思います。

http://highwire.stanford.edu/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

HighWire の方は、"histidine protein kinase"のように、キーワードを" " でくくるとその熟語で検索してくれます。

お礼

ご回答誠にありがとうございます。早速調べてみたところhistidine protein kinaseにはバクテリアの種によって様々な名前がつけられているようです。例えば私の場合、Puseudomonas putida KT2440のhistidine protein kinase/response regulator protein（DADアクセッション番号：AE01688-53）について、このhistidine protein kinase/response regulator proteinに相当する部分の名前の略称を知りたく、元の論文を調べましたが略称についての記載はありませんでした。こういった場合皆様はどうされているのでしょうか？

回答No.1

y056gb

たいていのバクテリアでは、遺伝子と、それがコードするタンパク質に統一的な名前を付ける規則があります。例えば遺伝子名は「cydR（斜体）」、そこから翻訳されるタンパク質は「CydR」と表記します。
たいてい参考論文の中に出てくるのですが、改めて調べるとすれば、NCBIのホームページを利用するのがいいのではないでしょうか。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
ここで「Search」欄からGeneもしくはProteinを選んで、「Cytochrome bd」と検索してみてください。ヒットが多すぎるようなら生物種名で絞ると良いのではないでしょうか。

お礼

早速のご回答ありがとうございました。こうした名前はタンパク質や遺伝子を発見した論文の著者がある一定の規則に従って、その論文の中で任意に名前を付けるという形になるのでしょうか？と言いますのも、histidine protein kinaseに関して文献をサーチしたところ、バクテリアの種によって名前が異なっていると見て取れました。私の勘違いでしょうか、間違っておりましたらご指摘お願い致します。