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プライマーの設計について
イネ(Orvza sativa)から抽出したゲノムに特異的なプライマーを設計したいのですがDNAとmRNAのどちらを使って設計したらいいのでしょうか。プライマーを設計するのは初めてなもので、作り方がよくわかりません。GC含量やプライマーダイマーを作らないようにすることはわかったのですが、他に気をつけることはありますか？
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ゲノムを鋳型としてPCRをされるのでしたら、ゲノムの配列で設計された方がよいと思います。mRNAはイントロンが除かれていますから、PCR産物の長さが異なってくるはずです。 植物を扱った経験はありませんが、アフリカツメガエルなどマウスのように系統化されていない生物では、遺伝子に多型があることがあります。お使いのイネが系統化されていないものでしたら、複数固体のゲノムで配列が一致する部分をお探しになると良いと思います。
お礼
ありがとうございました。今日プライマーを注文したところです。BLASTで検索してもゲノム配列が出てこなかったので、混乱してしまいました。調べたところイントロンが大分あったので、RNAで設計しなくてよかったです。