タンパク質が自己集合するとき関与するアミノ酸
こんにちは。
タンパク質のことについて質問させてください。
タンパク質のサブユニット同士が結合して複合体を形成する際、
各サブユニットのどのアミノ酸残基が結合に関与するか
どのように調べればよいのでしょうか?
例えばヘモグロビンはαとβの2種類のサブユニットが2つずつ集まって四量体を形成しています。
ウィルスの外殻もサブユニットが集まって多量体を形成しています。
これらのタンパク質のデータをPDBで検索すると、詳細な構造を見ることができます。
しかし、この画像を見て各サブユニットのどのアミノ酸が結合に関係しているのか、と考えると
Aのアミノ酸とBのアミノ酸が接近しているから関係してるかな、程度の解釈しかできません。
低分子量なら原子間の距離を測ったりすることもできますが、
高分子量のタンパク質で多量体を形成するものは
1つ1つチェックしていてはきりがありません・・・
私としては
「αサブユニットとβサブユニットが自己集合するとき
Aアミノ酸とBアミノ酸が水素結合し、Cアミノ酸とDアミノ酸がイオン結合している」
というようにデータに基づいた解釈ができればいいと思っているのですが。
理想はサブユニット間の水素結合、イオン結合等が視覚的に表示されることです。
Jmolの機能でサブユニット間で結合に関与しているアミノ酸がわかるようなコマンドや機能があれば
教えてください。もちろん他のサービスや方法でも構いません。
よろしくお願いします。