アガロースゲルの濃度

質問

0.8%アガロースゲルを以下の手順で作成しました。このときゲルは本当に0.8%ですか？違うなら、どんな処理をすれば0.8%になったのでしょうか？

１．フラスコに0.40gのアガロースを入れ、50mlの1×TAEを加える。
２．フラスコの口をラップで軽く閉じ電子レンジで加熱する。完全に融解させる。
３．融解したアガロースが50℃程度になったらゲルメーカーに流し込みコームを差し込む。
４．アガロースが固まるまで上からアルミホイルで覆い、静置する。

回答No.1

Mr_Spock · ベストアンサー

アガロースゲルの濃度はw/v %なので、0.4 gのアガロースにバッファーを加えて終濃度50 mLにすれば0.8%ということで正解です。0.4　gのアガロースはほとんど体積に影響無いので、50 mLのバッファーを加えるというやり方でもOKです。

しかし、加熱中に蒸発して失われる水の量がかなりあるので、加熱溶解後に水を加えて調整しないとアガロース濃度もバッファー濃度も変わってしまします。加熱前に容器ごと重量を計るか、水面位置に印をつけてから加熱溶解し、溶解後、初期の重量、または水面位置になるように蒸留水を加えるというのが常識的だと思います。

お礼

回答ありがとうございます！
なるほど！！！
加熱した際に失われるのは水だけですか？
1×TAEには酢酸が加わっているようですが、水だけ加えてしまうとバッファーの濃度はかわってしまいませんか？

回答No.2

Mr_Spock

>1×TAEには酢酸が加わっているようですが、水だけ加えてしまうとバッファーの濃度はかわってしまいませんか？

多少は変化するかもしれませんが、TAEでそこまで気にする人はいないと思いますし、気にするほどの影響もないと思います。

ただし、加熱を嫌うMOPSバッファー（ホルムアルデヒド変性ゲル）や、加熱するとアガロースの加水分解を起こすNaOH（アルカリアガロース）でゲルを作るようなときは、まず純水だけでアガロースを加熱溶解して、その後、蒸発分の純水と10xバッファー 溶液を加えて調製することはあります。

お礼

なるほど！！
何回も回答ありがとうございました。
助かりました^^