移転価格は日本だけの問題ではなくて、国境を超えた国同士の税金の取り合いですから、なかなか難しいところがあります。
でもたとえ調査があっても、貴社に反論の余地なく税金を決定することはありません。必ず最初は問題の指摘をして、それに対する貴社の見解を聞いた後で、彼らの最終判断を示します。もちろんこれにも貴社が不満ならば法的に争うことは可能です。
従って貴社の言い分をまったく無視して当局が一方的に課税をするということは普通はありません。
最も貴社がまったく反論をしないときは別ですが。
また万が一追徴があっても、それは海外で納めた税金と重複することになるので、その部分について国家同士で協議をするよう要求することもできます。
結果的に日本でとられた税金を海外で取り返すこともありえます。
でもこれらの手段はどれもかなり面倒です。
貴社が移転価格が心配になる事業をしているのならば、一度専門家に問い合わせて、その心配のない取り引き形態で商売をするように改めたほうが賢いですよ。
日本は世界的に見てもまじめな方の法治国家ですから、法律に基づかない無茶な課税がされることはありません。
このことだけはそうだと理解しましょう。
補足
どうもありがとうございます。質問した動機は移転価格関係の本を読んで、事前準備をするのとしないのでは1/10ぐらいコストが違うと書かれていました。それ故推計課税をいっぱい課し てくると推測しました。 ご回答からして専門家を雇うよりも国税に税金を課せられるのと比較して税金を課せられる場合が安いケースがあるかもしれませんね。