「取引先への支払いに一部遅れ」があるのは、債務の支払いをしてないということだけで、税務調査官がどうこう言う問題ではないです。
調査官は「納税義務を果たすのに、正しい申告をしてるか」の調査をします。
正しい申告がされてるかどうかは、申告書と、貴社にある帳簿とのつき合わせがまずされます。
帳簿に記載されてることが正しいかどうかの検証もされます。
架空人件費がないかという見方から、現在の給与台帳と実際の勤務状態のつき合わせもします。
源泉徴収が正しくされてるかの確認のため、扶養控除申告書の保管も確認されます。
領収書のうち、印紙漏れがないかも見ます。
業種によって目を付けられる点は変わります。
製造業でしたら、製造過程で発生した「くず」の処分はどうなってるかが見られるというようなことです。
金属くずは、結構な値で買取されるので、その売却代金が雑収入になってるか、という点です。
当たり前ですが、売上と経費が「正確に把握できてるか」を見ます。
売上を計上する時期と費用を計上する時期が統一されてるか確認します。
この時期がずれてるのを「期ずれ」といいます。
費用のうち、役員への個人的な出費とすべきものがないか、以下同。
減価償却資産として計上されてるものが実際にあるかどうか、以下同。
消費税の課税仕入れの中で、非課税仕入れがないか、以下同。
非課税仕入れを課税仕入れとして控除してると、消費税額がまともに変わるからです。
赤字申告の会社でも、これで追徴金がでます。
簡易課税を選択してる場合には、選択してる業者として認定してよいかどうか、確認されます。
外注費については、資料化されます。
外注先がキチンと申告してるかを確認するためです。
預金で決算書に計上されてないもの(簿外預金)の有無も。
法人の通帳以外に入金がされると、ほとんど重加算税対象売上除外。
申告してあれば別ですよ。
ご質問者が会社のただの従業員ならなにも心配は要りません。
税理士が対応します。
もし経理担当なら、税理士から「聞かれてもいないことを話さないように」注意されるでしょうね。
従業員全員に「税務署の人間になにを聞かれても、答えないように」指示しておくのも必要です。
「申し訳ありません、対応は社長がするので、失礼があるといけないので何も答えるなと命ぜられてます」と言わせます。
ほんのちょっとした言葉から、非違が発見されたという例は、列挙するいとまがないほどですよ。
「関係ないと思ってる、部内者」へ余計なことを言うなと指示しておくのはとても大事なことです。
調査官は世話話の中から会社の実体を聞きだすのが、とても上手だからです。
お礼
ご回答ありがとうございました。 私は経理の正規担当ではなく、携わっている程度です。経理について知識がなく、もっと勉強したいと思ってます。 経験もひとつのうち、まもなく来る調査を経験してみようと思います。