＞この違いは何故でしょうか？
この違いは、ひとえに「弾圧」と「差別」の違いです。
ある国が別の国を併合する（占領するでもいいですが）場合、その後の統治にはいくつかの種類があります。
Ａひとつはその国の政府を認め、統治を任せる代わりに本国に一定の金額（または資源など）を治めさせる
Ｂその国の政府を解体し本国から統治者を送るが、行政や法律などは統治機能は原則的にそのままにする
Ｃその国の政府も統治機構も完全に解体し、本国の完全統治を行う。その場合は、市民権の剥奪や財産権の剥奪などもある
Ｄその国の国民はすべて奴隷扱い（二級市民）扱いにし、本国からやってきた入植者にすべての権利を与える
などです。
日本の朝鮮併合はＢからＣに順次移行し、その代り朝鮮市民の財産権などは可能な限り保護しています。
ナチスはユダヤ人に対してはほぼＤの状態を導入し、その後虐殺していくわけです。
具体的には、1931年のニュルンベルク法によって、ユダヤ人の公民権停止、企業活動の停止、公職追放などが規定され、ドイツ国内でのユダヤ人は南北戦争以前のアメリカの奴隷と同等の価値になっていたのです。
そして1938年にオーストリアがナチスに併合されるわけですから、オーストリアに住むユダヤ人にとってはドイツに逃げることは、奴隷になりに行くのと同じだったわけで、それはありえない選択だったのです。
日本の場合は、ドイツとオーストリアの併合そのもの（ユダヤ人を除く）と同じで、朝鮮人であっても権利は守られましたし、教育も受けることが出来ました。オリンピックには（日本人としてですが）普通に出ることもできたのです。
併合された側から見て、これが「善」だったといえるのかは分かりませんが（少なくとも日本人が善意だったというのは傲慢すぎると思う）朝鮮人にも市民権があり、国民として守られたことは事実です（同時に義務として徴兵などもされました）
ですので、ドイツと日本の併合は言葉は同じでもとりわけユダヤ人にとっては意味がまったく違います。もちろん日本人も朝鮮人を差別したのですが、ユダヤ人差別のように公民権を取上げ企業活動を出来なくしたりはしていません。そのようなことをしたら、生きていくことができなくなるわけですから、ユダヤ人がドイツに逃げることはありえなかったのです。
補足
確か韓国人がチンコを整形手術するのって兵役前じゃなくて大半は中学校入学前の春休み期間中、泌尿器科でやるんじゃなかったかな。 軍隊に入った場合は除隊時に衛生兵にやってもらうとか聞きますけど。 韓国人は女性は顔の整形、男はチンコの整形を積極的にするんですね。 日本人ほど顔やチンコにメスをいれることに対して抵抗感が無いんだろうな。