トレイに入ったままの肉や魚を冷凍保存することは可能です。一般には肉や魚をトレイから取外すことによて迅速な冷凍効果が期待出来るとされています。しかし、トレイを取外しの際、食品に雑菌が付着する可能性もあるため、食品をトレイに入れたまま保存しても経験上これまでに問題を感じたことはありません。
ただ、鮮度や風味を出来るだけ保つには冷凍保存だけでは不十分です。真空パックと冷凍の併用をお奨めします。例えば、下記URLをご参照下さい。真空パックは家庭でも簡単にできます。保存するのにジッパー付保存袋をご使用の場合は、強力に空気を抜き取ることが出来る安価な 『真空パック器』 も販売されていますので、Google,Yahoo等で検索してご検討してみて下さい。
なお、一般にスーパー等で販売の「ジッパー付保存袋」は殆どのもの(例えば、ジップロック等)がポリエチレン製ですが、この材料は空気や酸素をよく通すことが広く知られていますので長期保存にはご注意下さい。空気や酸素を殆ど通さない保存袋も、上記『真空パック器』検索の中で見出せます。