銀行と経理ソフトの取引明細、一致しなくても良いか？
お世話になります。
概要
銀行の預金通帳の明細行と、経理ソフトに入力する、銀行取引明細、各明細行が一致しなくても残高が一致すればいいですか？
詳細
経理をパソコンソフトを使ってつけています。パソコンソフトには給与計算ソフトと、経理ソフトがあります。（弥生社のやよいの給与計算、と弥生会計）
給与計算の方で給与支払いデータを作成し、そのデータを弥生会計に転送して給与データを取り込みます。
ここで問題が発生しました。
やよいの給与計算では、支払金額と、どこの銀行口座から出て行ったか、のデータを転送します。
その際の社員への給与振込に必要な振込手数料については一切関知しません。
しかし、銀行口座から社員の口座へ実際に振り込む際は振込手数料が必要になります。
そして、その手数料は、会社の預金通帳上では、振り込んだ金額と振込手数料が
【合算して1行の明細】になってしまいます。
つまりこういう事です。
銀行の預金通帳
10/25 お支払金額 300,630
（注 手取り給与30万円、振込手数料630円）
弥生会計の預金出納帳上
（やよいの給与計算で作成した給与データを取り込んだ）
10/25 引出 給与300,0000
（注 手取り給与30万円を引出た。振込手数料については何も書かれていない）
振込手数料について何も入力しないので、当然、弥生会計の預金出納帳側の残高は振込手数料分、多くなってしまいます。
この場合、弥生会計の預金出納帳に手入力で
10/25 引出 支払手数料630
と追加入力していいのでしょうか？
後から税務署に
「なんで銀行の預金通帳の明細行と、経理ソフトの明細行が一致していないの？
残高さえあってればそれでいい、ってもんじゃないんだ！！！！」
と注意される恐れはないでしょうか？
詳しい方、お願いします。
お礼
ありごとうございます。 当社に適用できるか考えてみます。