in vitroでの実験における酵素処理の条件

質問

in vitroでの実験でタンパク質を酵素処理し、生成するペプチドについての比較を行いたいのですが、その酵素処理の条件についてのなにかの規定みたいなものはあるのでしょうか？
遺伝子組み替え作物などの安全性審査で、酵素で消化された後にアレルゲンが生成するかどうかの検証を行う際、このようなin vitroでの酵素処理を行っているようなので、いろいろ探してみたのですが、見つかりませんでした。

回答No.3

noname#53364 · ベストアンサー

当たり前のことですが何をそのペプチドで示すかでかわります。

私の場合はとあるサイトを決める事が目的でしたので、それが示される事が大事になりしたので、分解条件よりどんな断片が生成するかが重要でした。

生理学的な事をいおうと思ったら、その条件でやらねければ意味がないわけです。そうしなくてはアーティファクトになってしまうわけです。
公開できる範囲でかまいませんがもう少し条件を開示していただければ具体的なアドバイスができるかもしれません。同様な論文をひかれることが一番良いと思いますが。

補足

まさに痛いご指摘ありがとうございます。
たしかに適当に定めた条件で出した結果では、意味がないと思います。
あるタンパク質を酵素で分解して、生成するペプチドの内、ある特定のペプチドがどれほど吸収される時点で存在しているかを、in vitroで調べる実験を行っています。in vivoで実験を行って、実際の消化物を調べることができればいいのですが、そのような実験を行うことができる環境にありません。
ですから、in vivoでの環境に近い条件をin vitroで再現する必要があると考えたわけです。

回答No.6

noname#211914

以下のサイトは参考になりますでしょうか？
「アレルゲンと人工消化液中での安定性」
皆さんが議論されているように「人工消化液」での問題点の指摘があります。
・http://www.jba.or.jp/q-and-a/ex/non_flame/q23.html
（遺伝子組換え技術を用いることで、新たなアレルゲンが作られる可能性はあるのか。）

いくつか参考文献がありますので参考になれば良いのですが・・・？

ご参考まで。

参考URL：

http://www.jba.or.jp/q-and-a/ex/non_flame/q24.html

お礼

回答ありがとうございました。
たしかに人工消化液を使うにしても、それに対する問題点を踏まえた上で、使用する必要があるかもしれません。その上で、得られた結果に対して適切な考察を行っていこうと思います。

回答No.5

myeyesonly

そのような研究では、そのペプチドが消化管の環境下でどのくらいのスピードで分解するか、あるいは残存する時間がどの位かということを in vitro で調べるのでしょう。
とすれば、消化液の組成とｐＨ、体温が必要な資料であろうと思います。
in vitro では、akiyamaharuka さんの仰るように人工胃液などのダミー消化液を使って研究するのが一般的だと思いますが、それは消化管の全ての環境を現してはいません。

厳密にやるのであれば、最終的には本物の消化液を使用せざるをえないでしょう。また、胆汁や腸内細菌の影響だって考える必要があります。
しかし、in vitro という実験形態がすでに厳密な環境下にはないので、人工消化液などが使われているのだと思います。ようはその上に、どこまで参考データを付加するかということになるのではないでしょうか。

また消化管内の環境については、臨床検査法提要や、内科、特に消化器関係の医学教科書にはある程度出ています。図書館などで見られると参考になろうかと思います。

お礼

回答ありがとうございます。
ご指摘の参考書を探してみようと思います。

回答No.4

noname#53364

状況を把握いたしました。

少し検索したところやはり厚生労働省が情報を持っているようです。
このHPに人工消化液の実験が出てきますので、これを手がかりに問い合わせをされたら良いのではと思います。
また旧厚生省、農林水産省からでている～白書にも情報があると思われます。

少しは役にたちますでしょうか？

参考URL：

http://www.mhlw.go.jp/search/mhlwj/mhw/houdou/1009/h0929-1.html

お礼

回答ありがとうございます。
かなり参考になりました。
もう一度実験方法を考え直してみて、意味のある実験データとなるように変更することにします。

回答No.2

myeyesonly

明文規定というのは知らないのですが、目的によって違うのではないでしょうか？
例えば、経口摂取で、各消化器でということなら、口、胃、小腸、大腸などの環境を再現することになるでしょうし、血中なら血液の環境でしょう。また、食品加工の過程であれば、その状態を再現するべきではないでしょうか。

お礼

回答ありがとうございます
私もそのように考えて、実際のin vivoでの消化の過程を参考にしようと思ったのですが、胃、小腸における詳しい環境が書かれた本や論文がなかなかみつからなくて悩んでおりました。また、食品の形態によっても胃や小腸に停滞する時間も違うのではないかとも思いました。
悩んだ末に、適当に条件を設定して実験をしてしまっているのですが、やっぱりデータに客観性がないような気もするような・・・・

回答No.1

masa1000rx

うーん、私も知りたい。

　私の場合は、糖脂質の分離だったので除タンパクのために Pronase K を使ったのですが、調べる論文みんな条件が違う。こまったあげく、えいやと選んだ条件でやってしまいました。うまくいったし、論文もリジェクトされなかったので、よかったのでしょうが、ほんとは何。まぁ、酵素さえ効けばいいのかもしれませんが、、、

　手持ちの酵素の 説明書にある最適条件でやってしまえばいいのではないでしょうか。まれに pH によって違う反応をする酵素がありますが、プロテアーゼならきっと大丈夫でしょう。

　もっと、専門家の方のフォローをお待ちしています。 ひょっとしたらＪＩＳ規格とかあったりして。

お礼

適当な条件設定では、データの客観性にかけるような気がしていました。
実際にはこの実験はもう始めてしまっていて、私もmasa1000rxさんのように適当に酵素の最適条件でやってしまっているのですが、つっこまれるとかなり痛いところのような気もしていました。
なにはともあれ回答ありがとうございました。少し気が楽になりました。