非常に簡単にいうと「収入-必要経費=所得」で、これで計算される所得額に対して所得税が課せられます。ということは、確定申告では収入の額と必要経費、所得の3つの額を申告し、あとは税法で決められた額の所得税の納税を計算して申告するということになります。収入の額と必要経費の額は原則合計でOKですが、税務署から調べられる場合がありますから、その証拠となる書類、帳簿はすべて自己責任で用意保管しなければなりません。こういう証拠が無ければ税務署はそのノウハウに従い収入、必要経費を推定しこれを元に所得税額を計算し、質問者さんに「納税せよ」と迫ります。これを逃れる手段は、普通はありません。無理に逃れようとすると、最悪刑務所に送りこまれても文句は言えないことになっています。脱税はしないことです。
但し「脱税と節税は違う」というのが私の意見です。そうすると、収入をごまかすのは明らかに脱税ですが、必要経費については税務署との知恵比べになります。
私も自営業者ですが、あるHPで「自営業者はすべての支出は原則必要経費である」と書いてあるのを読んで「眼からウロコ」になりました。
細かく言うと長くなりますが、お金を払うときはどんな場合でも必ず領収書をもらいます。そして、記帳するとき、「これは必要経費ではないよね」「これは必要経費だ」と判断するのです。必要経費の定義は「収入を得るために必要な費用」です。自分がそう思えば必要経費ですし、税務署員がそう思わなければ必要経費ではありません。ですから税務署員との知恵比べになるわけです。
例えば私は、自宅の1室を仕事部屋にしていますが、その面積の全体面積に対する割合で案分した額の賃料を、必要経費として計上しています。新聞は日経新聞ですが、7割を必要経費に計上しています。
こうすると「自営業者はすべての支出は原則必要経費である」となるわけです。費用の全額を必要経費にしてはいけません。例えば、私の場合固定電話料の6割、携帯電話の7割は必要経費にしています。感覚的にこういう割合であって、いざとなったら通話明細記録を電話会社から取り寄せても証明できると思っているからです。
長くなりましたが、質問者さんは大きな本屋さんに行って記帳のイロハ、確定申告のイロハが書かれている本を買って読んでみることでしょう。良い本は沢山ありますよ。
補足
ありがとうございます!非常にたすかりました。 とある意味めんどうくさいと思いましたが、めげずに頑張りたいと思います。