ホモローグのクローニング方法を教えて下さい！

質問

『ある酵素遺伝子のホモローグをゲノム未解読の異種生物からクローニングするにはどうしたらいいか』

ホモローグとは何かというのがまずわかりません…

クローニング法については一般のＰＣＲなどは理解できています。

とても困っています＞＜
是非よろしくお願いいたします！！

回答No.2

MIYD · ベストアンサー

ホモログとは質問者さんが書いているように、
配列が似ている遺伝子のことです。

>『遺伝子』には一般的にイントロンやプロモーター領域は含まれないと考えるのですか？
分野や目的によりますが、
ORF部分(タンパク質をコードしている部分)が回収できれば、
タンパク質の配列を知ることができ、過剰発現することが出来ます。

遺伝子のクローニングと言うときには、一般的にはプロモーター領域は含まれないと思います。
（プロモーター解析などと呼ばれます）
イントロンについても回収したい場合には、cDNAライブラリーではなく、
genomicライブラリーを使うことで回収できますが、
遺伝子の塩基数が大きくなるので、回収が難しくなります。

保存領域の回収はBのcDNAの一部分を回収します。
Aと、他のホモログの情報を集めて、共通領域を探します。
コドン表を見たことがあると思いますが、64種類のコドンが20種類のアミノ酸をコードしているので、
一つのアミノ酸をコードしているコドンの数は様々です。
そのなかで、比較的コードしているコドンが少ないアミノ酸配列を選んで、
その部分でdegenerate primerを作製します。
このプライマーを使ってdegenerate PCRをかけることで、
保存領域が回収できることが期待されます。

RACEとはrapid amplification of cDNA endsの略で、全長を回収したいcDNAの一部分が分かっているときに、
その両側を増幅して回収する手法です。
BのcDNAの一部分を回収した後に行うことで、
回収できた部分の外側も回収できます。

お礼

またも解答ありがとうございます！！！

＞保存領域を回収して、
＞RACEを両側にかけるやり方もあります

この方法のほうは理解できました。
わかりやすく説明していただいてありがとうございます！

＞cDNAライブラリを作って、
＞コロハイで取ってくるやり方があります

こちらなのですが、
ＢのｃＤＮＡライブラリとコロハイさせるものは何になるのでしょうか？

Ｂの保存領域回収後にその保存領域とでしょうか？
それともＡのｍＲＮＡとでしょうか？
（多少配列ちがってもハイブリ形成できるのでしょうか…？）

またも質問攻めですみませんが、お時間あればぜひよろしくお願いいたします！！

回答No.3

MIYD

>ＢのｃＤＮＡライブラリとコロハイさせるものは何になるのでしょうか？

AのORFでも、Bから回収した保存領域でもどちらでもできます。
マウスとヒト位の違いでしたら、十分にハイブリします。

お礼

そうですか！

これですべて解決いたしました。
何度もお付き合いいただいて
本当にありがとうございました！！！

回答No.1

MIYD

cDNAライブラリを作って、
コロハイで取ってくるやり方があります

保存領域を回収して、
RACEを両側にかけるやり方もあります

ホモローグはhomologで調べればわかります

お礼

解答ありがとうございます！

教科書には「ホモローグ」について記載がなく、インターネットは調べると論文のような私にとって難易度の高いものばかりで、恥ずかしながら理解できませんでした…

『ホモローグをクローニング』とは要は、
「生物Ａでみつけたこの酵素遺伝子と遺伝的に同じような酵素を生物Ｂで見つける」ということでしょうか？

＞cDNAライブラリを作って、
＞コロハイで取ってくるやり方があります
これは生物ＢのcDNAライブラリのことですよね？

あと生物学に不慣れなので基本的なことを聞いて申し訳ありませんが、
『遺伝子』には一般的にイントロンやプロモーター領域は含まれないと考えるのですか？

＞保存領域を回収して、
＞RACEを両側にかけるやり方もあります
保存領域を回収というのは、ＡとＢのどちらから回収するのですか？
RACEを両側にかけると、不明部分がわかるということでしょうか？

わたしの勉強不足のせいで、質問ばかりですみません。。
またお時間ありましたらぜひとも回答よろしくお願い致します！