専門外なんですが.
規約が2つに分かれているのは,当事国の負う義務に性質の差があると考えられたからです.
社会権規約は国家に請求する側面(労働環境を良好にしろとか,教育をきちんとしろとか)がありますので,各国の経済状況の違いに配慮して漸進的に達成するとこが認められてます.
自由権規約は国家の介入を排除する側面(奴隷的な扱いをするな,表現の自由を侵すな)ですので,即時実施の義務が課せられてます.
実施方法にも違いがあります.人権の実現状況を定期的に報告する制度があります.社会権規約と自由権規約とでは,手続きの流れが若干違います.
自由権規約には,通報制度があります.規約を守っていない場合,個人や他の締約国が規約人権委員会というところに通報する制度です(ただし,日本は一部未加入のものがありますので,通報制度の適用はありません).