DNAの変性について

質問

今日、Large prepで大腸菌混濁液にLYSbufferを先に加えるはずが、NEUbufferを先に加えてしまいました。
DNA溶液を酸性にしたり塩基性にしたりするとDNAにどのような変化が起こるのでしょう。
化学式で表すとしたらどのように表現されるのか教えていただけるとうれしいです。
つたない質問で申し訳ありません。

回答No.2

miya_0726

懸濁用bufferにLysozymeやAchromopeptidaseを入れていなければ大腸菌の細胞膜は壊れていませんから、生理食塩水などで数回懸濁->遠心を繰り返せばプラスミドは取れると思います。中性化bufferを完全に除去してください。
懸濁状態で既に細胞膜が壊れていた場合は、先の回答者の言うとおりDNAの加水分解の可能性がありますから、再度培養からやり直した方がよろしいでしょう。
アルカリ処理でDNAは加水分解しませんが、むき出しになったDNAはアルカリ存在下ではわずかな力で切断されてしまいます。Lysis buffer添加後中性化buffer添加までは丁寧に操作しましょう。

なお、DNAの酸加水分解により生じる可能性があるのは
デオキシリボヌクレオチド（塩基-デオキシリボース-１リン酸）
デオキシリボヌクレオシド（塩基-デオキシリボース）
のどちらかです。デオキシリボヌクレオシド3リン酸は直接は生じません。

回答No.1

yakyutuku

アリカリ法の場合、アルカリにするのは大腸菌の膜を破壊するためで、DNAの変性は関係ありません。DNAはアルカリ性にしても構造上の変化（二重結合の水素結合云々ではなく、共有結合について）はありません。逆に強酸性にさらされると燐酸結合がくずれて、ヌクレオシドになります。（塩基ーP－P－P）あなたの失敗ぐらいではそこまでいってないと思いますが、もしDNAが強酸性にさらされてしまえば、再現は不可能です。