塩基配列の見方（表記）について

質問

生物は全くの素人です。
塩基配列の羅列（A,T,C,G）を見ていると、AATCCGCT・・と続いていく訳ですが、突然しばらくNNNNNNNN・・と続く部分があります。これは、何を意味しているのですか？ヒトゲノムは解析が終了したと記憶しているので、未解析という意味ではないと思うのですが、だとすると何でしょうか？

回答No.2

carp_009 · ベストアンサー

正確には未解析というわけではなく、「解析してみたけどわからなかった。」という意味です。
塩基配列を読む解析を行ったとしても、充分なDNA量がなかったり、DNAが壊れていたり、突然変異が起こっていたりすると塩基配列がはっきりと読めなくなってしまう場合がよくあります。このような場合に、A・C・G・Tのいずれか決定できないときには「N」と表示することという国際的な取り決めが有ります。
特にご質問のように「N」が長く続く場合には、もともと塩基配列を解析する予定の範囲外であったためだと思われます。解析のための化学反応をその範囲まで行わなかったため、塩基配列が読めなかったのでしょう。

お礼

解析不能の領域ということでしょうか・・。今後に解析されるのでしょうか・・。解析終了と聞くと私たちは完全に解析されたものと勘違いしてしまいますね。
ありがとうございました。

回答No.3

MIYD

他の略号も出てくるかもしれませんので、
http://www.dna.affrc.go.jp/misc/MPsrch/InfoIUPAC.html
を参照してください。

N以外にも、ATGCに同定できなかった場合の表記法が載っています。

お礼

これは、とても参考になるサイトの紹介をありがとうございました。
塩基配列を”眺める”際に参考になります。

回答No.1

walkinoctopus

簡単に言うと未解析の部分です。
確かにヒトゲノムは大部分が解読終了済みですが、
繰り返し配列など一部はまだ未解析です。
（それらの領域は基本的に遺伝子も存在しないと考えられるので、解析完了ということになっています。）

お礼

100パーセント完全に解析終了という意味では無いのですね。明らかに意味がなさそうなので飛ばしたというわけでしょうか・・。
ありがとうございました。