1.生態系への逸出の危険性
人工的に付与された有利な特性を持った農作物が生態系に逃げ出すことで、生態系のバランスが崩れることが懸念されています。近縁の野生植物との交配により、遺伝子プールが汚染される（地域の野生植物が元々持っていなかった遺伝子を獲得してしまう）ことも含みます。
2.農薬使用量の増大の危険性
農薬耐性の農作物を作り出すことにより、農薬の使用量が増大する危険性が指摘されています。
3.新たなアレルゲンの可能性
人類が今まで経験していないアレルギー物質と出会う可能性を否定できない、というものです。ご質問の意図とはちょっと外れますが、遺伝子組み換え植物の人体影響の可能性として指摘されています。
4.神への冒涜！という考え方～やっぱり気持ち悪い
新たな種の創出は神への冒涜と考える人は少なからずいます。その周りには、やはり何となく気持ち悪い、と考える人が多数います。これまでの育種は生物が元々持っていた特性を伸ばす形で行われてきましたが、遺伝子組み換えによりある生物が元々持っていなかった性質を付与することになるわけです。予測もしなかった影響が現れる可能性がこれまでの育種より大きいことは否定できないわけです。
