遺伝子が短くなる時はどんなときですか？

質問

最近学校で遺伝子操作の実験をしました。髪の毛を使ってアルコールに強いかどうかを調べるため、ＤＮＡを抽出してＰＣＲをしてアガロースゲルを使って電気泳動をしたのですが、結果が分子量マーカーよりかなり小さくなってしまい、しかも同じ実験をしたグループ全班が分子量マーカーより小さくなってしまったのです。私たちの班より前に実験した班は、同じ条件でやってきちんと分子量マーカーの間に出ています。何が原因だと考えられますか？分かりにくい文章とは思いますが教えていただけませんか？あと、遺伝子操作の実験の考察って何書いたらいいんですか？

回答No.2

geneticist12

＞プライマーダイマーはどのくらい種類があるのですか？

設計通りでない反応、予期せぬ反応によって生じたものでなの、どんな副産物ができるかは、いろいろです。
よくあるのは、あるプライマー１分子の末端数塩基（たとえば３塩基）が、別のプライマー分子（同じ種類のときも、別の種類のときもある）の配列のどこかと、たまたま対合して、そのプライマーを鋳型にして合成反応が起こるようなケースです。いったんそういうのができてしまうとたいていPCR反応で、目的のDNAより高い効率で増幅されてしまうので、目的のDNAの収量が低くなったり、全くふえなかったりします。
また、PCRの条件が厳しいと（たとえば、最初に入れたDNA量が非常に少ないなど）、目的の反応より副反応のほうが起こりやすいです。今回はそのケースではないかと思います。

お礼

ありがとうございます。かなり参考になりました。

回答No.1

geneticist12

単刀直入にいえば、PCRが設計どおりにうまくいってなかったのでしょう。見えているのは、プライマーダイマー（目的のDNAが増幅されたものではなく、プライマーが重合したもの）で、PCRがうまくいっていないときに現れる副産物だと思われます。どこか失敗しているところがあるのでしょう。たとえば、DNAの抽出が十分でなかったとか。
実習の考察は、実際に習ったこと、体験したことから論点を見つけて書くべきだと思いますので、第三者がどうこう言ってもあまり意味がないと思います。一般論として考察を加えるなら、PCRの原理であるとか、PCRを利用してどのようなことができるかというようなことを書いたらいいと思います。

補足

プライマーダイマーはどのくらい種類があるのですか？プライマーは三種類入れたんです。forward(
CH7)Reverse/正常（CH8)Reverse/異常(CH9)なんですけど・・・