ベストアンサー 制限酵素について 2005/02/16 20:17 特定の6塩基配列は平均すると、何塩基ごとに出現するか？ という問題が非常に分からないんでどなたか分かり次第回答お願いします。 みんなの回答 （1） 専門家の回答 質問者が選んだベストアンサー ベストアンサー Freeuser ベストアンサー率45% (181/399) 2005/02/17 05:34 回答No.1 ある特定の配列が出てくる確率ですね。むしろ数学カテか。 DNAの塩基はA,T,G,Cの４種類ですね。 たとえば、BamHIという制限酵素の認識配列、GGATCCという配列は平均して何塩基ごとに出現するかという問題だと、 ある連続した6塩基の配列を見たときに、その配列がGGATCCである確率はどれくらいでしょうか？ それぞれの塩基は同じ確率で出現すると考えれば、それぞれ1/4ですから・・・・・・。数学ですよ。 ほら、こたえがでちゃった。 任意の6塩基配列はすべて同じ答えになります。 実際には、生物によって若干塩基の組成や配列の偏りがあるので、理想どおりにはいきません。 広告を見て全文表示する ログインすると、全ての回答が全文表示されます。 通報する ありがとう 0 カテゴリ 学問・教育自然科学化学 関連するQ&A 制限酵素について 制限酵素は塩基配列をどのようにして認識しているのですか？教えてください。あと、参考にできる文献などがありましたら教えてください。よろしくお願いします。 制限酵素 BamHIについて 最近生化学の実験で制限酵素BamHIを用いて、その性質や働きを電気泳動で調べました。 制限酵素により切られたバンドを確認してみると、一つは1353bp付近に、もう一つは310bp付近に見ることができました。一応実験的には成功なんだと思いますが、後日生化学辞典で調べてみるとBamHIのような6塩基配列を認識するクラスII酵素は、DNAを平均約4000塩基対毎に切断すると書いてありました。 これは実験結果とはだいぶかけ離れているのですが、BamHIが例外的にこのような性質を示すのでしょうか？ 宜しくお願いしますm(__)m 生物の問題です DNAを6塩基対の配列を認識して切断したとき、1/4^6=1/4096で認識配列が4096塩基対に1回の確率で出現するというのはわかるのですがなぜ、それがDNA断片の平均塩基対数になるのでしょうか？ 天文学のお話。日本ではどのように考えられていた？ OKWAVE コラム ＤＮＡプローブの長さとは？ ヒトゲノム中（30億bp）でランダム配列と仮定した場合、ある特定の配列（長さｎ塩基）が2度出現する確率が１００分の１以下になるには ｎ≧□塩基 このようなほぼ確率の問題なのですが、ｎが何塩基以上でこの確率の条件を満たすのか求める問題です。 式などを含めた求め方が、わかる方がいましたら教えてください。 （ちなみに答えは16or17塩基程度になるそうです） ＴＯＰＯベクタ-に入っているcDNAを制限酵素配列付加プライマーを使っ ＴＯＰＯベクタ-に入っているcDNAを制限酵素配列付加プライマーを使ってＰＣＲで増やし、発現ベクターに入れたいのですが、色々と問題がありそうです。可能でしょうか？ 遺伝子工学の初心者です。 2つ質問があります。どちらか一方だけでも良いので、回答よろしくお願いします。 (1)ＴＯＰＯベクタ-に入っているcDNAを制限酵素で切り出すのではなく制限酵素配列付加プライマーを使ってＰＣＲで増やし、発現ベクターに入れたいのですが、付加する制限酵素の配列がＴＯＰOベクターに存在してしまっています。この場合、非特異産物がでてきてしまうでしょうか？このような手法は一般的ではないのでしょうか？ちなみに、コザック配列をつけるため(制限酵素配列-コザック配列-5´端相補的配列)のプライマーで増やそうとしています。 (2)制限酵素の切断効率を上げるために制限酵素認識配列の両端に数塩基余分な配列を入れるとプロトコルにかいてあり、プライマーの5´端は入れようと思うのですが、制限酵素認識配列の3´側にも入れる必要があるでしょうか？ 切断効率は制限酵素認識配列の両端にある塩基の数が重要で、どの塩基かはそれほど重要ではないとか、そんなことはないですか？ 制限酵素の問題 次のような問題についての考え方を教えてください。 ≪問≫ 環状ＤＮＡを制限酵素Ａ、Ｂを用いて切断する。 制限酵素Ａを用いて切断したときの塩基数は７kbpと３kbp。Ａ、Ｂ両方用いて切断したときの塩基数は、5.5kbp、1.5kbp、2kbp、3kbpであった。 制限酵素Ｂを用いて切断した場合の塩基数を答えよ。 上記の解答ですが、 3.5kbpと6.5kbp または 7.5kbpと2.5kbp で良いのでしょうか。 よろしくお願いします。 高校生物のゲノムの問題 お願いします。 問 1 ( 1 ) ヒトとチンパンジーのゲノムの塩基配列を比較すると約1.2%の違いがある。両種のゲノムの塩基配列は30億の塩基対 で構成されるとすると、両種のゲノム間の塩基配列において異なる塩基対の総数を求めよ。 ( 2 ) ヒトどうしのゲノムの塩基配列の比較では平均0.05%の塩基対に違いがあるとされる。このとき、同じ遺伝子(相同遺伝子)の塩基配列には、平均何個の塩基対の違いがあるか求めよ。ただし、ヒトゲノムには2万個の遺伝子が存在し、遺伝子がのっている領域はゲノムの3%とする。端数が出た場合は、四捨五入して小数点以下第二位まで求めよ。 制限酵素と回文配列 制限酵素についての質問です。 制限酵素がDNA二本鎖の回文配列部分を切断する際、どのようにして回文配列を認識するのですか？？制限酵素に何か特殊な構造が備わっているのですか？？ 回答をよろしくお願いします。 高度に保存された配列について 大学生になって初めて生物を勉強し始めたものです。 勉強をするには問題を解くのが良かろうと思い、いくつか問題を 解いてみているのですが、その中で生物種で極めて高度に保存され、頻度高く出現する2塩基の配列は何か（DNAの問題です） とあったのですが、これは何のことを示しているのでしょうか。 いろいろな文献やWEBを調べてみたのですが、結局分からなくてここで 質問させていただきました。 よろしくお願いします。 分子生物学の問題で、至急お願いします！ (エキソンの塩基配列) 5-GCATCCCCTACATCGAGACCTCGGCCAAGACC-3 (上記の鋳型=相補鎖) 3-CGTAGGGGATGTAGCTCTGGAGCCGGTTCTGG-5 エキソンの塩基配列の相補鎖が鋳型となると、問題には書かれてあったのですが、その場合、その鋳型は上記のであっていますか？ また、このエキソンの塩基配列には開始コドンってありますか？ エキソンの塩基配列は問題中に書かれてあったものです。 PCRプライマーへの制限酵素配列付加 こんにちは。いつもお世話になっています。 プライマー設計についてなのですが、 “制限酵素配列を付け加える場合は余分に数塩基追加した方が、制限酵素による切断効率が低下しない。” というのを聞いたのですが、実際に全く余分な配列を付加しなかった場合とではどれくらい差があるのでしょうか。 もしくは、全く付加しなかったプライマーでのPCR productを制限酵素処理し、ベクターに導入した際の効率はかなり下がってしまうのでしょうか。 ・・・というのも、大変お恥ずかしい話、今回PCR productをベクターに挿入する目的で制限酵素配列を付けたプライマーを設計したのですが、上記定義をプライマー作成後に聞き、もう一度作り直した方がいいのか悩んでおります。 基本中の基本のミスなのは重々承知の事なのですが、どなたかご存じの方がおられましたら、些細な事でも構いませんので教えて下さい。宜しくお願い致します。 シークエンスでプライマー配列部分の塩基は決定可能？ PCR産物をダイレクトシークエンスする場合、塩基が決定できるのはプライマーで挟まれた部分の配列についてで、プライマーがアニールするはずの部分（プライマー配列に含まれる部分）の塩基は決定できないという認識でいるのですが、正しいでしょうか？ 実は、最近読んだ国際誌（Molecular Ecology）の論文で、（そのPCRに利用したと明記されている）プライマーがアニールするはずの部分の塩基を決定し、そこにたくさんの多型（全多型の約20%）を検出しているのをみて不思議に思った次第です（GenBankにも同様の配列が登録されていました）。 プライマー配列部分にプライマーと異なる塩基があれば、その部分がヘテロのピークとして現れることがあるとは思うのですが、このようにして得られた塩基は信用していいのでしょうか？また、ヘテロが現れなったからといって、その部分の対象の配列がプライマーと同一としていいのでしょうか？ メジャーどころの国際誌に出ているのだから問題ないと思わないでもないのですが、配列のローデータにまであたらないと分からないわけですから、見落されていたということもありえると思うのです。 ご意見のほどお聞かせいただければ幸いです。 どうぞよろしくお願いします。 日本史の転換点？：赤穂浪士、池田屋事件、禁門の変に見る武士の忠義と正義 OKWAVE コラム 塩基配列の検索について ある塩基配列の中から、特定アミノ酸配列をキーワードとして検索するツールまたは方法があれば教えてください アミノ酸の変異について アミノ酸の変異について 大学の授業で、どのようにしたら特定の場所にアミノ酸の変異を起こすことができるのか 考えるということをやりました。 先生が出したヒントは、 プライマーは20～30塩基ぐらい配列をもつことができるということと 6～7割/20～30塩基の配列が相補的ならばDNAはくっつく という２つを出してくれました。 先生は、このヒントをふまえて考えてほしいとのことです。 わかる方がいらしたら教えてください。 お願いします。 エキソンの割合の求め方を教えてください。 エキソンの割合の求め方を教えてください。 ヒトゲノムの重要な統計数値があります。 DNAの長さ 3.2×10^9塩基対 遺伝子数 約25000 最大遺伝子 2.4×10^6塩基対 遺伝子の大きさの平均 27000塩基対 遺伝子あたりの最小エキソン数 1 遺伝子あたりの最大エキソン数 178 遺伝子あたりの平均エキソン数 10.4 最大エキソンの大きさ 17106塩基対 エキソンの大きさの平均 145塩基対 偽遺伝子数 20000以上 エキソン(たんぱく質を指令する配列)の割合 1.5% その他のよく保存されている配列の割合 3.5% 高頻度反復配列の占める割合 約50% と教科書には載っています。ここでエキソンの割合1.5%という答えを求めたいのですがどうすれば求められますか？先生に教えてもらった式は (145×10.4×25000×100)/(3.2×10^9) でした。でもこれを計算しても1.5という答えにはたどり着きません。何かが足りないのでしょうか？分かる方教えてください。よろしくお願いしますm(__)m 細菌の酵素遺伝子の解析について 私は現在卒業研究で最近の酵素遺伝子の構造解析(要はクローニングしたい）をしていますがなかなか目的の遺伝子が引っかかりません。 現状はたんぱく質のＮ末端解析により２０アミノ酸が同定されそこから推定される塩基配列を様々なプライマーでＰＣＲをかけて６０塩基を決定しました。そして他の細菌の同じ酵素のアミノ酸配列からコンセンス配列もいくつか見つけＰＣＲ しても遺伝子はひっかかりません。制限酵素で切ったりもしていますがうまくいきません。 遺伝子解析にあたってアドバイスをお願いします。 あとその酵素タンパクの抗体は得られているのですが、抗体をプローブとして解析を進めると聞いたことがあるのですがサザンのことなんでしょうか？でもあれは ＤＮＡプローブですよね？うーんよくわかりません。 ヒトゲノムが解明される時代に細菌の遺伝子一つくらい数日、数週間あれば解析できるということを聞きましたが本当でしょうか？そんな研究期間ではどのように解析しているのでしょうか？ 遺伝子工学技術によるタンパク質の合成について 1.大腸菌を用いてタンパク質を合成するときに、DNAをプラスミドに組み入れる理由は何ですか？ 2.塩基配列からタンパク質のアミノ酸配列は決定されるが、アミノ酸配列は塩基配列が決まらない理由は何ですか？ 分かる人がいたら大至急回答お願いします。 塩基配列のBLAST解析 シークエンス反応を通して塩基配列が決定されたものをBLAST解析して自分の精製した塩基配列がどのような遺伝子でどんな微生物に類似しているのかを同定したいのですが・・・ 塩基配列をNCBIからNucleotide BLASTのトップページで入力したところ、赤いバーのようなものが多数出たページと、Max identが97％などと出てくるページと、QueryとSbjctといった特定の塩基が結合しているようなページが出ました。 これらのページのどこを見て、どのような微生物と類似しているのかを調べたらいいのかがイマイチわかりません。英語ばかりで英語苦手な自分としてはなんともわかりにくい状態です。 特にどこ見て考えたらいいのでしょうか？わかりにくい質問かもしれないですが、よろしくお願いします。 塩基配列の問題です!! 試験で出された問題なのですが、解けずに困っています。 あるタンパク質において「Gln.Lys.Tyr.Cys」というアミノ酸配列をコードしている構造遺伝子の一部の塩基配列は下に示した通りである。 5'-ＧＧＣＡＧＡＡＧＴＡＴＴＧＣＡ-3' 3'-ＣＣＧＴＣＴＴＣＡＴＡＡＣＧＴ-5' ←Ｏに見えますがＣです (1)この遺伝子のmRNAにおいて、上に示したアミノ酸配列に対応する部分の塩基配列を記せ。 (2)この遺伝子には塩基置換によるミスセンス変異が存在し、突然変異体では上に示したアミノ酸配列の部分が「Gln.Lys.Tyr.Trp」となっている。この変異アミノ酸配列に対応する部分のセンス鎖の塩基配列、およびアンチセンス鎖の塩基配列を記せ。 この２題を教えてください。.・( 」□」・.。 翻訳される遺伝子検索方法 実験をする際、困っています。 初歩的なことですが、ご回答お願いいたします。 ゲノム解析で得られた長大な塩基配列の中から、翻訳にいたる遺伝子を探すには、どうすればいいでしょうか。着目すべき塩基配列上の特徴を教えてください。 注目のQ&A 「You」や「I」が入った曲といえば？ Part2 結婚について考えていない大学生の彼氏について 関東の方に聞きたいです 大阪万博について 駅の清涼飲料水自販機 不倫の慰謝料の請求について 新型コロナウイルスがもたらした功績について教えて 旧姓を使う理由。 回復メディアの保存方法 好きな人を諦める方法 小諸市（長野県）在住でスキーやスノボをする方の用具 カテゴリ 学問・教育 自然科学 理科（小学校・中学校）化学物理学科学生物学地学天文学・宇宙科学環境学・生態学その他（自然科学） カテゴリ一覧を見る OKWAVE コラム 突然のトラブル？プリンター・メール・LINE編 携帯料金を賢く見直す！格安SIMと端末選びのポイントは？ 友達って必要？友情って何だろう 大震災時の現実とは？私たちができる備え 「結婚相談所は恥ずかしい」は時代遅れ！負け組の誤解と出会いの掴み方 あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVE セレクト コスメ化粧品 化粧水・クレンジングなど 健康食品・サプリ コンブチャなど バス用品 入浴剤・アミノ酸シャンプーなど スマホアプリ マッチングアプリなど ヘアケア 白髪染めヘアカラーなど インターネット回線 プロバイダ、光回線など
