契約書まき直しについて

質問

不動産管理業です。
先代の時代の時からの話になります。
①平成２３年（２０１１年）５月に弊社(甲)と弊社が事業譲渡した会社(乙)と建物賃貸借契約を交わしました。
②その後に原契約を元に覚書が交わしてあります。丙が絡む内容となっていました。
③その後に家賃の変更の書面があります。乙の支店長決済済み。
④最新版の契約書（案）を作成して乙に提出中。

まき直しの理由
１)当初の契約書は特に仕業に依頼したものでないようでお粗末な内容の契約書であること。
2)現在、②にある丙は間に入っていない。
3)修繕等の記載がない。
4)③の賃料変更後の記載があったほうがよいのではないか。

乙の使用者である支店長と話したところ以下の回答がありました。
「本社（乙）の上の者が頂いた契約書（案）の一言一句について原契約とまったく違う。と言っておりまして契約書に押印が難しいです。今までの取引の中も特に問題もなかったですし、修繕等については使用している部分については乙負担、劣化原因の外壁・屋根等は甲負担、その他についてはその都度協議で良いではないでしょうか。とにかく今の担当者は契約書に判を押したがりません。この担当者が変わったタイミングとか、私支店長交代のタイミングとかそういう時まで保留で良いではないでしょうか。」
とのことでした。

支店長が言うように今までもそれぞれの修繕の分担は協議で合意しながらやってきた経緯があります。
乙は大手なので問題が大きくなってもいけないですし、弊社のような小さな会社は大手に勝てないと思うので藪蛇になってもいけないと思います。
こういう場合はどのようかに考えるとよいでしょうか。
ご教示いただければと存じます。よろしくお願いいたします。