はじめまして♪
美味しく頂くのであれば、戻す時に沸騰させない方がベストです。
基本は水、又は手を入れていても大丈夫な温度のぬるま湯が好ましいでしょう。
通常の乾物とは違った、加工が施された物は、標記された手法がベターなのですが、それ意外の一般的な「ひじき」「キクラゲ」の乾燥状態なら、上記のとおり「水」か「ぬるま湯」で戻してから、取り出して軽く水気を切って調理。というのがスタンダード（標準的、常識的）という範囲です。
特殊加工品以外は、沸騰などの非常に高い温度になると細胞膜が壊れて本来の旨味成分が出てしまいます。
「もどし」のお湯を活用出来なければ、せっかくの「旨味」を捨ててしまう事にも鳴りますし、ひじきやキクラゲの旨味が減った上で、食感も変化する事も在るので、できれば加熱しすぎないようにされた方が良いと思います。
『水につけて戻すだけでは、食べたとき何か悪影響はあるのでしょうか？ 』
戻しただけでは、本来の美味しさを引き出せていません、また、乾燥時にどのような状況なのかも正確にはワカリマセンから、加熱調理をして他の食材とかと合わせ、より美味しく安全に楽しむのがベターだと思います。
「戻す」のと、「加熱調理」は、意味が違いますからね。
余談ですが、乾燥シイタケの場合、水で戻しても戻し水に旨味が在るので、「戻し汁」を沸騰させた調理もたくさん有りますネ。同じく美味しいオダシが出やすい昆布は、温めずに冷蔵庫で一晩、、なんていう手法も有りますしね。
少なくとも「ひじき」と「キクラゲ」の、一般的な乾燥状態の物は、水かぬるま湯で戻してから、ザル等で水気を切ってからの加熱調理。というのがベターだと思います。
お礼
詳しいご回答をありがとうございます。 恐れ入りますが、戻すのは水でいいとして、（極端な話ですが）戻したきくらげやひじきをそのままお酢につけて、加熱せずに生で食べるのはやはり良くないですか？ やはり乾物はなんでも戻した後は加熱処理をしなければいけませんか？