なにをもって非合法では?とお思いなのでしょうか?
会社がどのような形で雇用しなければならないかまで、法律で定めがありません。
雇用自体が義務付けされていませんので、会社法の定めの役員の定員などを守れば、会社は存続します。
雇用する場合も労働基準法などの最低限の雇用条件を守れば、どのような形で雇用しても合法となります。これは、多くの法律では、社員=出資者・株主を指しますし、雇用される人を労働者・従業員などと呼びます。そのため、多くの法律で正社員や契約社員などという言葉が出てこないものとなります。
助成金についても、助成金の要件を満たせば申請が可能です。
ただ、雇用保険の加入を要件とする助成金がほとんどです。そのため、雇用保険の加入要件を満たす雇用の場合にしか助成金が支給されないと思います。
質問にはありませんが、法人で雇用される場合には、一定の雇用条件を超える一般的な正社員並みの勤務実態の場合には、社会保険などの加入が法人に義務付けされることとなります。
会社によって、正社員以外は社会保険に加入させないなどという社内規定は非合法・違法の状態といえます。これは先にも書いたように、正社員や契約社員という雇用形態が法律に記載されておらず、あくまでも勤務時間や雇用期間などで雇用条件を定め、その条件によって社会保険等の加入要件の定めがあるためです。
恐るべき雇用システムとありますが、高齢者を雇用できる事業や組織というものは少なく、そのような人の採用につなげるための助成金です。そのような仕組みを作っている会社は、助成金の仕組みから言えば、優良な会社とも考えられるかもしれません。