単独店舗の場合は、昨今だと地主さんが建てて貸す方が多いでしょう。
借主である企業は、賃貸なら全額経費になりますが、自己の建物だと減価償却相当分しか経費計上できません。これが一番の理由です。
貸主の立場から考えるリスクは
1、契約期間がどれぐらいで建物投資の元が取れるのか？（賃料との利回りなどのバランス）
建設協力金（返還の義務無し）の額や保証金の金額など賃料以外に、担保される金銭がどれぐらい受領できるのか？
その金額は、借主が万一破産など手続きをした場合でも、手出し無く物件を整理可能な金額なのか？
2、何らかの契約解除に至った場合、他業種や借主が転用可能な建物仕様なのか？
など、万一の際に損をしないことが担保されているかどうかです。
事業用定期借地権は10年～50年の範囲ですが、これは底地となり上記の賃貸なら、途中で収益物件として売却なども可能ですが、売却する場合はかなり価格は叩かれます。
また、この場合も建物を解体して現状復帰する費用は、保証金として預かりますが、この場合基本的に償却しないものですから、契約解除した場合は返還義務が生じますし、敷金返還の抵当権を設定されます。
問題なく契約履行できれば、賃貸でも借地でも良いのですが、相手方が破産などした場合、破産した相手方の所有建物が自己の所有地内に存在することになり、これの処分や解除の法的処理には相当の時間を要し、（色々な訴訟など要す）面倒となります。
借りる先が余程長年に渡り、安定して信用の有る企業でなければ、借地はやめたほうがよいでしょう。
不動産業者等間に介して進められるとは思いますが、契約をまとめて幾らなので、借主主体の交渉となりますから、出来れば質問者さん側の窓口にコンサル的な業者など費用がかかっても、介入させたほうが良いでしょう。
自己での判断はやめたほうが無難です。
お礼
ご親切にそして、ご丁寧にご教授頂きまして深く御礼と感謝 申し上げます。ありがとうございました。 相手の企業は誰もがご存知の大企業ですが、大企業でも倒産する 時代ですし、FCで仲介会社が入っての運営の場合はやはりリスクが 高いと考えます。 当方で上物を建てて貸すようにしたいと存じます。契約に際して 色々とクリヤーしなくてはならない事項があるかと思います。 ただ、まだ下見の状態でたぶん、第一回はスーパーバイザーが 来て現地調査をするだけだと思います。スーパーバイザーが来るという ことで出店を期待したいところですが・・・。 不動産屋を介してはいないので、出店が決定したら、顧問弁護士を 通じて契約させるようにしたいと存じます。 大変に勉強になるご助言を、本当にありがとうございました。