（１）ウンコ・・・ 発酵させると、肥料どころか食べ物にもできますよね。
テレビの番組で、豚の糞尿を乳酸菌発酵させて、たしかクロレラだったかと思いますが何か混ぜて、また豚に食べさせるというリサイクルをやっていましたよ。
まだ、雑炊状態にもならない「液体」みたいな状態のものでしたが、豚は多少酸っぱい味が好きらしく、喜んで食べていました（飲んでいた？）。
もともとは、糞尿のニオイ消しのために考案された発酵だと言っていたように記憶しています。
ただ、乳酸菌の苗を入れて発酵させる前に、糞尿に対してなにかしていたかどうかが思い出せません（全然思い出せないということはナニもしていない可能性が高い）。
（２）腐敗も発酵の一種というか、発酵が腐敗の一種なんでしょうね。
ただ、人間が有用と感じるか有害と感じるかの違いが、腐敗か発酵かの違いでしょう。
同じイネ科の植物でも雑草と呼ばれて除草剤をかけられたり、「米」と呼ばれて大切にされたりするのと同じ違いでしょう。
（３）作り方
それは、それぞれです。例えば日本酒の作り方と糠味噌漬けの作り方では、働く菌も違うし作り方も全然違うのは、ご想像の通りです。
基本的には、発酵させたい物の中の雑菌を殺し、次に発酵のための「菌」を入れ、その菌が活動するのに適したように環境（温度や酸素など）を整えてやればＯＫ。あとは菌が自分で発酵させてくれます。
ただ、環境を整えるのが、実は大変なんですけど。
例えば糠味噌漬けは、毎日こまめに糠をひっくりかえしてやらないと、腐敗が始まってしまって中の野菜がまずくなります。
